枯萎病是百合生产上的重要病害。该病在开花后遇有气温高、降雨多易发病，连作、受地下害虫、根结线虫为害造成的伤口多发病重。
百合枯萎病属于镰刀菌土传病害，一般在种植前进行土壤消毒处理：采用恶霉灵或50%多菌灵五氯硝基苯，进行土壤处理。栽培后，选择32%三唑酮乙蒜素或80%乙蒜素+1.8%芸苔素内酯（复硝酚钠）+米醋，进行淋兜或者叶面喷雾，在整个生长期连喷3次，即可预防枯萎病的发生。
在枯萎病发生之后，可选择32%三唑酮乙蒜素（或者恶霉灵）+多菌灵+黄腐酸（或腐植酸）+米醋，进行根部淋兜，叶部喷雾，即可降低枯萎病的发生。
注意浇水，一旦发现田间病株，停止浇水，立马用药剂进行消毒处理。减少氮肥的使用，增加有机肥，活化土壤，提高土壤有益菌的存活率，适时轮作。
（1）实行轮作倒茬。
（2）施用保得生物肥或酵素菌沤制的堆肥，少施氨态氮肥，增施磷钾肥，增强抗病力。
（3）选用无病、无伤的鳞茎作繁殖材料。
（4）种植前把鳞茎侵入40％五氯硝基苯200倍液加50％福美200倍混合液中浸15分钟，或浸入50％苯菌灵可湿性粉剂2000倍液中，30℃水温浸泡30分钟，也可把鳞茎先用39℃温水处理2小时，再浸入50％苯菌灵2000倍液中，浸30分钟。还可用43％福尔马林120倍液浸种 3.5小时，防效明显。
（5）喷灌36％甲基硫菌灵悬浮剂500倍液或50％甲基硫菌灵·硫磺悬浮剂800倍液、50％苯菌灵可湿性粉剂1000倍液、12.5％增效多菌灵浓可溶剂300倍液、50％杀菌王（氯溴异氰脲酸）水溶性粉剂1000倍液。