豆根蛇潜蝇成虫刺破和舐食大豆幼苗的子叶和真叶，取食处呈枯斑状。幼虫孵化后蛀入幼苗根部取食，为害主根的皮层和本质部，造成伤痕。植株根部受害表现为根系不发达，根变粗、变褐，皮层开裂或畸形增生，或生肿瘤。受害植株地上部表现为幼苗生长势弱，植株矮小、叶色淡黄。受害轻者，在幼虫化蛹后，根部伤口愈合，植株恢复生长，但根瘤较小而少，顶叶发黄、荚少，质量和产量下降。受害严重者植株逐渐枯死。此外，幼虫造成伤口，还会感染根部病害，使大豆受害损失加重。
农业防治
1、合理轮作。
此虫取食、交配、产卵的适温为20℃至25℃，在黑龙江省5月份为该虫羽化出土盛期，降雨后土壤湿润，对羽化有利，因而对成虫发生有利。
2、豆田秋季深翻或耙茬。
进行深耕秋翻，蛹翻入土下30cm则不能羽化。耕翻能把蝇蛹埋入土层较深处影响羽化率，据试验，蝇蛹接近地面者羽化率为72%，深度5cm者为50%，深度10cm者为41%，深度29cm者仅10%;秋耢当年豆茬地能把在地表下越冬蛹带到地表，经冬季长期低温和干燥的影响，死亡率增加；增施肥料促进幼苗早发，亦能减轻为害，即使受害恢复也快。
3、适时早播、施足基肥，适当增施P、K肥，培育壮苗，增加豆株的抗虫能力，尽可能避开成虫产卵和孵化盛期，能减轻为害。
凡是播种早，幼苗生长发育快，当幼虫盛发时主根的木质化程度已较高，能忍耐幼虫钻蛀，受害则轻，反之幼苗根茎细嫩受害则重。
1、合理轮作。此虫取食、交配、产卵的适温为20℃至25℃，在黑龙江省5月份为该虫羽化出土盛期，降雨后土壤湿润，对羽化有利，因而对成虫发生有利。
2、豆田秋季深翻或耙茬。进行深耕秋翻，蛹翻入土下30cm则不能羽化。耕翻能把蝇蛹埋入土层较深处影响羽化率，据试验，蝇蛹接近地面者羽化率为72%，深度5cm者为50%，深度10cm者为41%，深度29cm者仅10%；秋耢当年豆茬地能把在地表下越冬蛹带到地表，经冬季长期低温和干燥的影响，死亡率增加；增施肥料促进幼苗早发，亦能减轻为害，即使受害恢复也快。
3、适时早播、施足基肥，适当增施P、K肥，培育壮苗，增加豆株的抗虫能力，尽可能避开成虫产卵和孵化盛期，能减轻为害。凡是播种早，幼苗生长发育快，当幼虫盛发时主根的木质化程度已较高，能忍耐幼虫钻蛀，受害则轻，反之幼苗根茎细嫩受害则重。
化学防治
1、播前防治。
（1）沟施。5%涕灭威颗粒剂2.5kg/667㎡，3%呋喃丹颗粒剂2.5kg/667㎡。
（2）拌种。50%辛硫磷乳油按种子重量的0.2%拌种。
2、田间（生长期）喷药防治成虫。25%爱卡士乳油1500倍液，2.5%溴氰菊酯乳油2000倍液，40%绿莱宝乳油1000倍液，40%乐斯本乳油1200倍液，或40%乐果乳油1000倍液与80%敌敌畏乳油2000倍液混用。
3、药剂熏杀成虫。在成虫盛发期用80%敌敌畏乳油125g/667㎡或40%乐果乳油200g/667㎡，混拌细砂20kg或浸玉米穗轴15kg，均匀撒在地内。
豆根蛇潜蝇的防治应注重农业防治，药剂防治应着重播前沟施农药或药剂拌种防治幼虫，适期用药剂防治成虫效果也很好。