在芦荟的生长期，特别容易发生病虫害，这些病虫害很容易致死芦荟，防治病虫害上要采用科学的防治措施，大力推广无公害防治技术，禁用高毒高残留农药，我们可以采用农业方法进行防治。
芦笋开始采收前分别于“立春”及“立秋”前晴天旧母茎，进行一次的清园，消灭潜伏于枯枝落叶和土壤中的病虫源。清园要将旧母茎和新长出来畸形、病虫伤的嫩茎割除，搬离田间集中烧毁；
同时喷洒除草剂田间杂草，并扒开芦笋蔸头的沙土，把残留茎干净，经阳光暴晒1-2 天，每667m2用70%甲基硫菌灵和50%多菌灵各0.5Kg，辛硫磷1Kg混合加水500-600Kg淋浇蔸头，然后覆盖5-6cm客沙，消灭病虫源；
加强肥水管理，增施有机肥，注意氮、磷、钾及微量元素的合理搭配，若笋园土壤偏酸性，可施入适量的石灰粉调节土壤酸碱度；
注意防旱排涝，促进植株生长健壮，增强抗病力；
不可采收过度，避免造成植株早衰。
有效控制病虫危害，做好一切保护工作。
由于芦荟叶片内含有很多化学物质，如芦荟酊具有很强的抗菌性和杀菌作用，因此，芦荟在生长发育过程中病虫害很少。
目前国内发现四种芦荟真菌病害，它们是褐斑病、炭疽病、叶枯病、白绢病。其中前三种为害叶，后一种为害全株。
各种病害均在高温多雨季节发生。在病虫害防治上宜采取‘预防为主，综合防治’的措施。在病害未发生前，或已发病的植株去除带病部位后，将0.5—0.8的石灰等量式波尔多液（即每100公斤水加硫酸铜和石灰各0.5—0.8公斤）施于芦荟叶面，可有效预防、抑制病菌侵入和蔓延。病害发生后，用内吸传导的剂如托布津、瑞毒霉等，以及如硫酸链霉素、农用链霉素、春雷霉素、井冈霉素等直接施用，能杀死芦荟体内的病原菌，控制病害蔓延。
偶有棉铃虫、介壳虫、红蜘蛛等为害，预防可增施磷钾肥、喷洒波尔多液。可用50%多菌灵可湿性粉剂1000倍液、75%百菌清可湿性粉剂800倍液、70%甲基硫菌灵可湿性粉剂800倍液喷洒。
棉铃虫：目前芦荟上发生危险的一种害虫，主要咬食嫩叶与花朵，造成叶片残缺和落花。防治方法，一是用黑光灯或杨树林诱杀成虫；二是搞好栽植区域周边其他植物的统一防治；三是药剂防治，在幼虫初卵期，选用40%氧化乐果乳油600倍液或50%杀螟松乳油1000倍液，或者40%菊杀乳油2000—3000倍液或50%锌硫磷乳油1000倍液等喷雾防治。
介壳虫：主要发生在皂质芦荟上，其他芦荟品种发生较少。介壳虫以幼虫常黏在叶片背面，有时叶片的正面也发生，防治方法：可用50%的1605乳油，稀释1000倍液喷雾。幼苗期可用50%的三硫磷，稀释3000倍液喷雾。
红蜘蛛：在天旱时易发生，严重时期在5—7月，8—9月份也有危害。防治方法：在冬季时节，消除田间杂草。当红蜘蛛大量暴发时，可用40%的乐果2000—2500倍液喷洒，每隔3—4天喷一次，可连续打几次药。
白根病：即在芦荟根部上带有白色粉末状，防治方法同红蜘蛛一样。
根腐病：一般是因为土壤过于潮湿而引起的芦荟根部腐烂，应及时将健康的未腐烂的茎切下来，待切口干后，再重新种下。
只要加强通风透气、排除田间积水，控制土壤温度，消除低温潮湿的危害，及时除草，做好植物检疫、水肥管理，芦荟一般不会得病。如患褐斑病、炭疽病、叶枯病、白绢病，在喷洒的同时将病斑多的叶子剪去，同时要注意防止农药污染芦荟叶片。