有机肥料优点之多，农民朋友不妨多施用，但施用之前须经腐熟，这样，既可减少对作物不必要的损害，还可达到提高施肥效果的目的。生产上应在改革积肥、施肥习惯和提高肥料质量上下功夫。
有机肥料富含有机物质和作物生长所需的营养物质，不仅能提供作物生长所需养分，改良土壤，还可以改善作物品质，提高作物产量，促进作物高产稳产，保持土壤肥力，同时可提高肥料利用率，降低生产成本。其优点非常的明显。
1、养分全面。既含作物必需的大量元素，又含微量元素和生长刺激物质，是一种完全肥料；
2、含大量有机质，对改良土壤性质、提高土壤肥力、消除土壤污染及保护生态环境等方面有独特的作用；
3、肥劲稳而持久。因有机肥料所含养分多呈有机态，需经微生物不断分解转化后，作物才能吸收，尤其对生育期较长的作物施用效果更好；
4、来源广、数量大、成本低，是使自然界的有限养分无限循环利用的重要环节。
有机肥料是指含有大量有机物质的肥料，它是农村中就地取材、就地积制和施用的，如人畜粪水、厩肥、沼气肥、秸秆肥等，故又叫农家肥。有机肥料种类很多，其优点也多。
1、改良土壤，培肥地力。有机肥料中的主要物质是有机质，施用有机肥料增加了土壤中有机质的含量。有机质可以改善土壤物理、化学和生物特性，熟化土壤，培肥地力。
2、增加作物产量和提高农产品品质。有机肥中含氨基酸等物质，除含氮、磷、钾等养分外，还含有多种糖类，氨基酸，不仅可为作物提供营养，而且可以促进土壤微生物的活动。有机肥料还含有多种微量元素，如畜禽粪便每100千克中含硼2.2～2.4克，锌2.9～29.0克，锰14.3～26.1克，钼0.3～0.4克，有效铁2.9～29.0克。有机肥和化肥配合施用增产效果显着，而且能改善产品的品质，使蔬菜中硝酸盐、亚硝酸盐含量降低，维生素C含量提高，增加瓜果中的含糖量。
一、促进植物生长作用。
主要是通过功能菌在植物根部定植、生活并发挥作用。这种作用是通过功能菌产生促进植物生长的物质体现的，有别于在生物有机肥料中添加激素的作用。有些生产厂家为了让农民看到效果，在产品中加入一定量的激素，这是不科学的，通过前几期南农大讲堂中设计的试验方法可以辨别。
二、提高植物防病抗病能力，也就是生物防治作用。
这类菌种作用于病原菌的方式主要有三种：1.拮抗作用。产生拮抗物质直接抑制病原菌生长。2.竞争作用。从营养吸收利用等方面抑制病原菌生长，一般情况下这种菌种生长速度很快。3.寄生作用。以病原菌为寄生，直接寄生在病原菌身上导致病原死亡。这三种抗病防病作用方式常常是交叉的。
三、提高肥料利用率。
在目前生物有机肥料市场中被宣传得较多，主要有固氮、解钾、活磷等作用。固氮作用主要有三类：1.共生固氮。以根瘤菌为主，菌种寄主有专一性，固氮能力很强，主要在豆科植物上共生固氮。但是由于这一类菌种均为革兰氏阴性细菌，不利于保存，作为产品进行货架销售比较困难，所以一般是拿到菌种即拌种使用。2.自生固氮作用。菌种在田间表现为不固氮或固氮能力很小。3.联合固氮。菌种相对专一，能力较强，但目前研究和推广应用的比较少，因此，须谨防产品包装上夸大固氮能力。
四、保水抗旱、土壤修复、降解农药等功能。
对这类生物有机肥料的功能宣传比较少，主要因为经销商和农民对这方面功能的关注度比较低，生产商通过宣传这类功能来吸引消费者的可能性较小，所以市场上不多见。
综上所述，生物有机肥料的特殊功能主要集中在三方面：促进植物生长、提高植物防病抗病能力、提高肥料利用率。