油菜各个时期都会发生黑腐病。油菜黑腐病往往与软腐病同时发生，形成了两病的复合侵染，大大加重对油菜的危害。幼苗子叶发病，边缘水浸状，发黑，迅速枯死。
成株期从叶片边缘出现病变，逐渐向内扩展，形成“V”字形黑褐色病斑，周围变黄。病斑内网状叶脉变为褐色或黑色。病斑扩大，造成叶片局部或大部腐烂枯死。叶柄发病，病原菌沿维管向上发展，可形成褐色干腐，叶片歪向一侧，半边叶片发黄。短缩茎腐烂，维管束变色，有一圈黑色小点，严重的髓部中空，变黑干腐。严重发病植株多数叶片枯死或折倒。种株发病，叶片上也产生“V”字形褐色病斑，病叶脱落，花茎髓部变黑褐色。
病原菌随种子和田间的病株残体越冬，也可在采种株或冬菜上越冬。带菌种子是重要的初侵染来源。带菌种子可以通过引种传播到无病区。播种带菌种子后，细菌从苗子叶边缘的水孔和气孔侵入，引起发病。病原菌可在田间病残体上存活l年左右。随病残体越冬的病原菌，春季通过雨水、灌溉水、昆虫或农事操作传播带到叶片上，经由叶缘的水孔、叶片的伤口、虫伤口侵入。病菌生长适温为27℃~30℃，高温高湿，多雨、重露有利于黑腐病发生。
暴风雨后往往大发生。易于积水的低洼地块和灌水过多的地块发病多。在连作，施用末腐熟农家肥，以及害虫严重发生等情况下，都会加重发病。
幼苗、成株均可发病。叶片染病现黄色“V”字型斑，叶脉黑褐色，叶柄暗绿色水渍状，有时溢有黄色菌脓，病斑扩展致叶片干枯。抽薹后主轴上产生暗绿色水浸状长条斑，湿度大时溢出大量黄色菌脓，后变黑褐色腐烂，主轴萎缩卷曲，角果干秕或枯死。角果染病产生褐色至黑褐色斑，稍凹陷，种子上生油浸状褐色斑，局限在表皮上。该病可致根、茎、维管束变黑，后期部分或全株枯萎。