甜椒根腐病主要发生于定植后本田期。门椒坐果前就可发生，门椒坐果后病害发生渐趋普遍而严重，至生育后期病害达到高峰，植株大片萎蔫死亡，致甜椒果发育中止，产量大降。
防治甜椒根腐病的方法：
（1）整治排灌系统，高窄畦、深沟栽培，降低地下水位。
（2）改沟灌为淋灌；改深水长时间沟灌为浅水短时间沟灌，杜绝漫灌，解决土壤水气不调矛盾，促进根系生长，提高根系活力。
（3）适当增施磷钾肥，避免施用未充分腐熟的土杂肥。
（4）对侵染性根腐病定植后至门椒坐果期，定期或不定期施药2～3次或更多，预防病害发生。用药参照甜椒枯萎病的防治方法。
(1)因地制宜种植甜杂2号、都椒1号、9179辣椒、9198辣椒等早熟品种。施用日本酵素菌沤制的堆肥或充分腐熟的有机肥，采用配方施肥技术，用5406菌肥作基肥，有降低发病的作用。
(2)实行与豆科、禾本科作物进行3～5年轮作。
(3)选用无病种子。做到从无病果实上采种。如种子带菌，应对种子进行处理：温汤浸种用55℃温水浸种5分钟后，立即移入冷水中冷却，然后催芽播种，也可先将种子在冷水中预浸6～15小时，然后移入1%硫酸铜溶液中浸5分钟，取出后拌以适量的消石灰，再行播种。
(4)在定植前用10×10-6的ABT4号生根粉溶液浸泡辣椒根系，然后定植。
（5）整治排灌系统，高窄畦、深沟栽培，降低地下水位。应及时改沟灌为淋灌；改深水长时间沟灌为浅水短时间沟灌，杜绝漫灌，解决土壤水气不调矛盾，促进根系生长，提高根系活力，防治气传性病菌侵入。
（6）加强田间管理，适时浇水、追肥，在甜椒生长期喷施促花王3号抑制主梢旺长，促进花芽分化，适时追肥氮磷钾肥，在甜椒开花前喷施辣椒壮蒂灵提高授粉质量，使果蒂增粗，防止落叶、落花、落果，使辣椒发育快、着色早、辣味香浓。
(7)定植后温度控制在20～30℃、地温25℃、湿度不高于90%。使幼苗茁壮成长。
(8)发病初期开始喷洒或浇灌36%甲基硫菌灵悬浮剂600倍液或60%防霉宝超微可湿性粉剂800倍液、50%苯菌灵可湿性粉剂1500倍液、50%多菌灵可湿性粉剂800倍液、40%混杀硫胶悬剂500倍液，667m2喷对好的药液50升，隔10天左右1次，连续2～3次。采果前3天停止用药。
症状
起初甜椒苗下部叶片萎蔫，逐步向上部叶片发展，一般白天萎蔫而傍晚至次晨恢复，反复几日后整株枯死。枯死的病株叶片卷曲、不脱落，根茎部及根部皮层呈淡褐色至深褐色腐烂，根皮层极易剥离，露出暗色的木质部。病部仅局限于根及根茎部，病死的甜椒苗很易拔起。
病源及发病规律
甜椒根腐病由一种称腐皮镰孢菌的真菌引起，多发生在定植后的营养生长期。该病菌以厚垣孢子、菌核或菌丝体在土壤中越冬，有较强的腐生性，在土壤和病残体有机质中可存活数年，是初侵染的主要来源。病菌随雨水和灌溉水传播蔓延，施用未腐熟透的有机土杂肥也容易带菌传播。甜椒苗龄过长、高温、高湿、寡照、移苗伤根，以及肥水管理不当造成土壤板结、肥多水大、影响根系发育等情况下都会加重该病害的发生。
（1）选用无病种子。做到从无病果实上采种。如种子带菌，应对种子进行处理：温汤浸种用55℃温水浸种5分钟后，立即移入冷水中冷却，然后催芽播种，也可先将种子在冷水中预浸6～15小时，然后移入1%硫酸铜溶液中浸5分钟，取出后拌以适量的消石灰，再行播种。
（2）实行与豆科、禾本科作物进行3～5年轮作。
（3）在定植前用10×10-6的ABT4号生根粉溶液浸泡辣椒根系，然后定植。
（4）整治排灌系统，高窄畦、深沟栽培，降低地下水位。应及时改沟灌为淋灌；改深水长时间沟灌为浅水短时间沟灌，杜绝漫灌，解决土壤水气不调矛盾，促进根系生长，提高根系活力，防治气传性病菌侵入。
（5）加强田间管理，适时浇水、追肥，在甜椒生长期喷施促花王3号抑制主梢旺长，促进花芽分化，适时追肥氮磷钾肥，在甜椒开花前喷施辣椒壮蒂灵提高授粉质量，使果蒂增粗，防止落叶、落花、落果，使辣椒发育快、着色早、辣味香浓。
（6）定植后温度控制在20～30℃、地温25℃、湿度不高于90%。使幼苗茁壮成长。
（1）因地制宜种植甜杂2号、都椒1号、9179辣椒、9198辣椒等早熟品种。施用日本酵素菌沤制的堆肥或充分腐熟的有机肥，采用配方施肥技术，用5406菌肥作基肥，有降低发病的作用。
（2）实行与豆科、禾本科作物进行3～5年轮作。
（3）选用无病种子。做到从无病果实上采种。如种子带菌，应对种子进行处理：温汤浸种用55℃温水浸种5分钟后，立即移入冷水中冷却，然后催芽播种，也可先将种子在冷水中预浸6～15小时，然后移入1%硫酸铜溶液中浸5分钟，取出后拌以适量的消石灰，再行播种。
（4）在定植前用10×10-6的ABT4号生根粉溶液浸泡辣椒根系，然后定植。
（5）整治排灌系统，高窄畦、深沟栽培，降低地下水位。应及时改沟灌为淋灌；改深水长时间沟灌为浅水短时间沟灌，杜绝漫灌，解决土壤水气不调矛盾，促进根系生长，提高根系活力，防治气传性病菌侵入。
（6）加强田间管理，适时浇水、追肥，在甜椒生长期喷施促花王3号抑制主梢旺长，促进花芽分化，适时追肥氮磷钾肥，在甜椒开花前喷施辣椒壮蒂灵提高授粉质量，使果蒂增粗，防止落叶、落花、落果，使辣椒发育快、着色早、辣味香浓。
（7）定植后温度控制在20～30℃、地温25℃、湿度不高于90%。使幼苗茁壮成长。
（8）发病初期开始喷洒或浇灌36%甲基硫菌灵悬浮剂600倍液或60%防霉宝超微可湿性粉剂800倍液、50%苯菌灵可湿性粉剂1500倍液、50%多菌灵可湿性粉剂800倍液、40%混杀硫胶悬剂500倍液，667m2喷对好的药液50升，隔10天左右1次，连续2～3次。采果前3天停止用药。