1.根部病虫害 乔纳金、红星等种子根系入土浅，树势弱，遇到干旱土壤板结，超载过量易患根腐病；而北斗、秦冠等品种根系粗壮，抗性强，树势旺不易感病，重茬栽植时应特别注意这一点，以免造成根腐病大发生而挖树毁园。
2.叶部病虫害 美八，乔纳金等品种易感染白粉病，而富士品种对早期落叶病抗性差，七月份落叶现象严重，应提早进行防治。
3.果实病虫害 藤木、北斗等品种霉心病发病率高，早红嘎拉、GS28品种成熟期果锈大、裂果严重，色浓红。红星品种有采前落果现象，红富士品种成熟期轮纹病危害大。
4.枝干病虫害 腐烂病主要危害老龄衰弱树，幼树上发病少。富士品种的根部，枝干易隐藏绵蚜，危害集中，而嘎拉、美八等品种绵蚜少见，防治时应注意这一点。
1.科学选择果树品种，合理规划果树种植，营造更健康的果树生长环境
由于果园生态环境中存在完整的包含果树、病、害虫、天敌益虫及微生物等在内的平衡食物链，所以果农要以病虫害综合防治为出发点，科学选择果种品，合理划分种植区域。
比如由于果树生长过程中会出现相互抑制、病虫害互患等问题，苹果树不宜与桃树、梨树、混种，而梨树、桃树也不适于混合栽种。同时，果农还须加强果树的生长过程中的栽培与管理，通过施用有机肥料、剪除病虫果枝、清理果园环境等手段，创建出促进果树生长且抑制病虫生存的果园环境。
2.实施综合防治
做到这一点，可以进行物理防治的同时加强生物防治。如冬季修剪掉树体的病虫枝、清理枯枝败叶、夏季配置杀虫灯、黄板和性诱剂展开人工诱杀的同时，在园内人工释放草蛉、赤眼蜂等天敌昆虫，同时施用植物源、微生物源等农药，保护果园环境的同时，有效防止病虫出现抗药性。