杂交水稻不是转基因的。
杂交是让不同品种的水稻之间杂交，由于水稻不同的品种内有不同的基因，它们杂交后基因随机重组，有可能得到比较的基因组合。水稻的杂交一般不跨物种，即使跨物种也是亲缘关系较近的物种。
杂交定义：两条单链DNA或RNA的碱基配对。遗传学中经典的也是常用的实验方法。通过不同的基因型的个体之间的交配而取得某些双亲基因重新组合的个体的方法。一般情况下，把通过生殖细胞相互融合而达到这一目的过程称为杂交；而把由体细胞相互融合达到这一结果的过程称为体细胞杂交。
所谓基因工程是在分子水平上对基因进行操作的复杂技术。是将外源基因通过体外重组后导入受体细胞内，使这个基因能在受体细胞内复制、转录、翻译表达的操作。它是用人为的方法将所需要的某一供体生物的遗传物质——DNA大分子提取出来，在离体条件下用适当的工具酶进行切割后，把它与作为载体的DNA分子连接起来，然后与载体一起导入某一更易生长、繁殖的受体细胞中，以让外源物质在其中“安家落户”，进行正常的复制和表达，从而获得新物种的一种崭新技术。它克服了远缘杂交的不亲和障碍。
现在的转基因农作物是把其他生物当中有抗虫害的基因转到水稻中来，是一种有目的的基因工程，而不像杂交是随机的，可以说是技术上的进步。但是这样做有一定的隐患，因为一般抗虫害的基因表达出的蛋白对虫有毒害作用，但是对人是否有毒害作用，一般要经过严格的检验。另一方面，转基因作物有非常强的环境适应能力，可能会侵占野生植物的生态位，破坏生态平衡。
所以，总结起来，杂交并不是转基因。
杂交育种和转基因技术有区别，前者技术含量低得多，盲目性极大，后者目标明确。
但从生物学上讲，杂交和转基因都属于“基因重组”，都属于基因重组技术的范畴，因此在转基因乙肝疫苗的外包装上直接注明为“乙肝重组疫苗”，就是这个原因。
可以理解为，杂交是只能用于同品种之间的转基因，而且每一次杂交会将大批量的基因重组到目标品种体内，势必会将无用，甚至有害基因一起重组进去，在代种植时，这些无用甚至有害的基因，经过筛选后不能发挥作用，在第二代三代种植时，这些基因的功能将能部分表现出来，从而造成减产，抗病力下降等等严重后果，因此杂交品种，都不能连年留种，比如袁隆平的杂交水稻就是这样的。
而转基因品种，转入的是特定的目标基因，而不是成批转入，不可能将有害基因转入目标品种体内，因此转基因品种绝大多数是可以连年留种的，比如在1992年我国拥有自主知识产权的转基因水稻品种遗传工程稻3号和遗传工程稻5号，就是将玉米的基因转入水稻细胞内培育而成的高产优质水稻，这两个品种都可以连年留种。世界上早成功的转基因事例是将人的胰岛素基因转入大肠杆菌体内得到的，这种转基因的工程菌繁殖千代都能照样产生人胰岛素，现在的胰岛素都是典型的转基因产品。另外转基因品种完全可以实现跨物种的基因重组，人的胰岛素基因转入大肠杆菌体内就是典型实例。
杂交育种与分子育种（转基因育种）是独立的两种育种方法。杂交育种是通过品种间的杂交创造新的变异而选育品种，注意是品种间。具体产生新性状的方式有：1基因重组2基因互作3基因累计等等。比如高杆水稻与矮杆杂交，抗病大豆与感病大豆杂交…而转基因育种呢？利用基因工程跨越了物种间的生殖隔离，增强了育种的目的性同时大大提高效率。比如经典的从芽孢杆菌中转移抗虫基因到棉花中获得抗虫棉（孟山都干的）。所谓的担心正是由于这种基因的大跨度性，从生命树结构的一支完全转移到另一支上，这种风险是未知的？虽然抱着怀疑态度，我个人观点还是支持转基因，很多人的抵制都太盲目。
杂交育种与分子育种（转基因育种）是独立的两种育种方法。杂交育种是通过品种间的杂交创造新的变异而选育品种，注意是品种间。具体产生新性状的方式有：1基因重组2基因互作3基因累计等等。比如高杆水稻与矮杆杂交，抗病大豆与感病大豆杂交…而转基因育种呢？利用基因工程跨越了物种间的生殖隔离，增强了育种的目的性同时大大提高效率。比如经典的从芽孢杆菌中转移抗虫基因到棉花中获得抗虫棉（孟山都干的）。所谓的担心正是由于这种基因的大跨度性，从生命树结构的一支完全转移到另一支上，这种风险是未知的？虽然抱着怀疑态度，我个人观点还是支持转基因，很多人的抵制都太盲目。关于一楼所说，确实如此，我国对于直接食用的作物，比如水稻还是会有非常严格的审查的，所以才有张启发院士对农业部的愤怒因为他的转基因水稻研究难以推广==。而对于大豆和玉米等主要是非直接食用的作物（全世界玉米产量食用的只有三分之一发达国家更低），都被迫被转基因打开了市场。