一、小麦秆锈病的农业防治
1、选用抗病品种，如蒙麦30号、龙麦23号、龙辐麦7号、陇春15号、宁春24号、陇春8139、定丰3号等。抗秆锈冬麦品种有京411，皖麦26、27，豫麦18号，新宝丰（7228），早麦5号，贵丰1号，滇麦18、19号。
2、适期播种，避免早播。
3、药剂拌种。用种子重量0.30%三唑酮拌种，即用15%三唑酮可湿性粉剂60~100g拌麦种50kg或12.5%烯唑醇可湿性粉剂60~80g拌麦种50kg、15%三唑醇50~100g拌小麦种子50g、20%萎锈灵乳油180~350ml拌种子100kg，拌种时可以按每10kg种子1kg水的数量将药液先进行稀释，然后将药液喷洒到种子上，边喷边拌，拌后闷种4~6小时播种，可有效控制苗期条锈病，推迟成株期病害爆发期。
4、小麦收获后及时翻耕灭茬，消灭自生麦苗，减少越夏菌源。
5、加强田间管理，实行作物轮作。
二、小麦秆锈病的喷洒防治
1、在秋季和早春，田间发现发病中心，及时进行喷药控制。如果病叶率达到5%，严重度在10%以下，每亩用15%三唑酮可湿性粉剂50g或20%三唑酮乳油40ml/亩，或12.5%烯唑醇可湿性粉剂15~30g/亩，对水50~70kg喷雾，或对水10~15kg进行低容量喷雾。在此，大丰收农业信息网提醒，如果病叶率在25%以上，严重度超过10%，就要加大用药量，视病情严重程度，用以上药量的2~4倍对水喷雾。
2、小麦拔节或孕穗期，病叶普遍率达2%~4%时开始喷洒20%三唑酮乳油或12.5%烯唑醇可湿性粉剂1000~2000倍液、25%丙环唑乳油2000倍液、12.5%氟环唑悬浮剂54~60ml/亩施药，做到普治与挑治相结合。
3、小麦扬花初期，每亩用20%三唑酮乳油每亩50ml、或50%多菌灵可湿性粉剂100g加水20kg进行低容量喷雾，若扬花期碰上连阴雨天气，可次药后7天再用药一次。
小麦秆锈病主要发生在小麦叶鞘、茎秆和叶鞘基部，严重时在麦穗的颖片和芒上也有发生，产生很多的深红褐色、长椭圆形夏孢子堆。小麦发育后期，在夏孢子堆或其附近产生黑色的冬孢子堆。秆锈病夏孢子堆散生，长椭圆形，表皮破裂而外翻。
小麦秆锈病的流行主要与小麦品种、气象条件有关。一般在小麦抽穗阶段的气温和这一阶段前后的降雨是影响病害流行的关键因素。小麦抽穗时期的气温一般可以满足秆锈菌夏孢子萌发和浸染的要求，决定秆锈病是否流行的主要因素是湿度条件。
防治秆锈病每亩用药量应增加到110克。在喷洒粉锈宁或三唑酮时每15千克加入25克“天达2116”粮食专用型可明显提高防病效果，兼治白粉病、赤霉病，同时可增加小麦抗“倒春寒”、抗倒伏、抗干热风的能力。
（1）选用抗病品种，如东北麦区的克丰系列、克旱系列、新曙光系列、龙麦、辽麦系列，内蒙古的蒙杂系列，黄淮地区的泰山1号等。大多抗21号小种，要注意新小种34C#3和34C#3.种植时要兼顾抗源的多样化和合理布局。新育出的抗秆锈的春小麦品种有蒙麦30号、龙麦23号、龙辐麦7号、陇春15号、宁春24号、陇春8139、定丰3号等。抗秆锈冬麦品种有京411，皖麦26、27，豫麦18号，新宝丰（7228），早麦5号，贵丰1号，滇麦18、19号。（2）药剂防治参见小麦条锈病、叶锈病。