玉米施用种肥，增产效果明显，一般可增产10%左右。在土地瘠薄、底肥不足或未施底肥的情况下，种肥的增产效果更大。
种肥以氮素化肥为主，酌情配合适量的磷、钾化肥。腐熟的优质农家肥也可以作种肥，在夏播玉米来不及施基肥情况下，它可以补充和代替部分基肥。氮肥作种肥用硫酸铵、硝酸铵较好，每亩2.5-5公斤硫酸铵或1.5-3公斤硝酸铵即可，如配合过磷酸钙则氮、磷配合比例为2:1或1:1为好。
混合好的肥料施在种子的侧下方，距种子4-5厘米的地方，穴施或条施均可。应避免与种子直接接触，以防烧苗。
1、选好施肥品种
氯化钾、氯化铵等化肥含有氯离子，施入土壤后会产生水溶性氯化物，对种子发芽和幼苗生长不利，甚至烧种烧苗；硝酸铵、硝酸钾等肥料含有硝酸根离子，对种子发芽有毒害作用；碳酸氢铵有挥发性和腐蚀性，易熏伤种子和幼苗；尿素生成少量的缩二脲，含量若超过2%对种子和幼苗就会产生毒害。这些都不适宜做种肥，否则容易烧芽、烧苗，可施用氮、磷、钾复合肥或缓控释肥。
2、控制施肥量
玉米苗期需肥量较少，为减少浪费，种肥施用量不宜过大，一般每亩用量10公斤左右，特别是趁墒播种时，更要严格控制种肥施用量。
3、搞好种肥隔离
施用种肥时，为避免种子和肥料直接接触导致烧芽、烧苗，机械播种时要将种子与肥料隔离7～10厘米；人工播种时，要变种下施肥为侧深施或种间穴深施。