棉花种植在我国占有相当的比重，在棉花食用有机肥时同样存在一些问题，针对目前棉花施肥上存在的有机肥施用量少、氮肥用量偏高、前期氮肥用量过大、后期普遍缺肥以及对缺锌硼土壤不注重锌肥施用等突出问题，采取以下科学施肥方法：
坚持有机肥与无机肥相结合；控制氮肥总量，调整基、追肥比例，减少前期氮肥用量，实行氮肥用量后移；磷钾肥长期恒量监控，中微量元素因缺补缺。根据播种方式，采用条施、穴施等方式做到基肥深施，施后立即盖一层土再播种，盖土深度需要在6.7厘米以上；追肥沟施或穴施覆土，覆土深度也应在6.7厘米以上；对缺硼的土壤补施硼肥。
一、有机肥施用量：每亩4000公斤左右。
二、氮磷钾施用量：每亩皮棉单产水平在100公斤以下的，亩施氮肥16公斤、磷肥7公斤、钾肥12公斤；每亩皮棉单产水平在 100～150公斤的，亩施氮肥15公斤、磷肥6公斤、钾肥11公斤；每亩皮棉单产水平在150公斤以上的，亩施氮肥14公斤、磷肥5.5公斤、钾肥10 公斤。
三、硼肥施用量：对缺硼的土壤，每亩基施硼肥1公斤。
在施肥比例上，基肥：亩施有机肥2000公斤，氮、钾肥总量的30％、磷肥总量的60％；花铃肥：亩施有机肥1000公斤，氮、磷、钾肥总量的20％；盖顶肥：亩施有机肥1000公斤，氮、钾肥总量的50％和磷肥总量的20％。
1、可将底肥用的化肥在耕地前撒在地表，和农家肥一齐翻入地中。这样施得深、施得匀，养分损失少，可被分布在各处的棉根吸收利用。
2、在播种机上安装施肥器，和播种同时进行，前边播肥，施在两行棉花中间，深施8至10厘米，后边播种。这样作业省工，肥料集中，养分损失少，幼苗利用快。
3、播前设计好行距和行数，插上标记，先将一行肥料施在预留的两行棉花中间，深施10厘米以上，然后再进行播种，这样肥料施得深。
4、如果不耕翻而采用旋耕，也可在旋耕前将肥料撒在地表，但要尽量旋耕深达15厘米左右，忌施肥后浅旋，使大部肥料留在土壤上层，养分损失大。
无论耕地前或旋地前施肥，都可进行耕旋后浇水造墒。按亩灌水量60至80方计算，水深为9至12厘米，肥料不会随水渗入地下，而保存在地表浅土层内，可供棉花根系吸收利用。
施底肥是很关键的棉花高产措施，关系到棉花产量和植棉效益，一定要施好。