苦瓜常发病有白粉病、疫病、炭疽病、病毒病等。虫害主要为瓜实蝇、蚜虫。
白粉病：在开花结瓜期间发病，在叶片上布满白色粉状物，使叶片失绿黄化，造成植株早衰。防治方法：当叶片上有白色粉状物出现时，应每7-10天叶面喷洒一次氰菌唑水溶液、粉锈宁水溶液或硫悬浮剂水溶液进行防治，连续喷洒2-3次，注意药水水量一定要大。
疫病：在叶片上多从叶尖或叶缘开始，病斑形状不规则，周缘不明显，初呈暗绿色，水渍状，后变褐色。病斑可扩大至整个或大半个叶片，潮湿时，在病斑交界处，长出一圈白色霉状物。防治药剂：百菌清、疫克、波耳多液、农利灵、安克、西先吗啉、乙磷铝、杀毒矾或金雷多米尔喷施，病叶摘除带走销毁。
病毒病：危害幼苗和刚刚开花结瓜的植株，使生长点萎缩，叶片卷曲，植株越长越小，并逐渐枯萎死亡，当叶片开始卷曲时，应连续喷洒2～3次600倍植物病毒疫苗水溶液，或800倍病毒A水溶液，或600倍植物助壮素水溶液进行防治，每7～10天喷洒一次。
螟虫：用三唑磷、杀虫单、杀虫双、锐劲特、毒死蜱、bt喷杀。
蚜虫：吡虫啉、啶虫脒、阿维菌素喷杀。
瓜实蝇：以幼虫蛀入幼瓜为害，使幼瓜畸形，并提前转色，其后腐烂变质，还散发恶臭气味。防治方法：在幼瓜期，用锐劲特水溶液，或农地乐水溶液，或功夫水溶液喷洒幼瓜2-3次，每4-5天一次，并及时摘除畸形果，集中园外烧毁或深埋。
苦瓜种皮厚，发芽慢，可用钳子或剪刀将种子旁夹破种皮，但不能损伤胚芽，以利吸水，促进发芽。
1、温汤浸种：用50-55℃温汤（需恒温）浸种25-30分钟，待水温降至常温时，继续浸种15-20分钟，捞去瘪籽，用清水冲洗干净后用湿布包裹，在常温下催芽，每天要用温水洗一次，经4-5天种子露白后播种。
2、药液浸种：先将种子用清水浸泡2-4小时，捞去瘪籽，倒入1000倍72.2%普力克AS药液中，浸种30分钟，再用清水冲洗干净后播种，对疫病有较好防效。
3、药剂拌种：用种子量0.3-0.4%的5%福美双WP拌种，预防疫病、炭疽病。