金针菇基腐病又叫根腐病，该病多发生在生料栽培的金针菇上，但近年来在熟料栽培及瓶栽中发生也较普遍，危害较严重。
防治方法：
（1）在配制培养料时，严格控制含水量，在子实体生长阶段，避免菇床上长时间积水。
（2）搞好菇房环境卫生，适时通风透气，控制空气相对湿度不超过95%。
（3）化学防治发现有病菇，及时，后喷洒1：500倍的25%多菌灵或1：800倍的70%甲基硫菌灵，或1：500倍的65%代森锌。常用药剂：多菌灵、甲基硫菌灵、代森锌。
根是在作物的养分吸收和作物生长上起着非常重要的作用。作物根部一旦患病，会对作物造成严重的影响，轻则营养不良，重则植株死亡！根腐病是作物常见的根部病害，患病后根系腐烂，作物水分和养分的吸收逐渐减弱甚至消失，新叶逐渐发黄枯萎，严重时直至整株植株死亡。解决作物根腐病的措施：一是要强化科学平衡施肥理念。不能过度大量长期单一施用化肥，更不能过度依赖化肥，要提倡有机肥化肥平衡施用，大量元素中量元素和微量元素肥料平衡配套。提倡施用充分腐熟的农家肥和优质的商品生物有机肥。提倡利用作物秸秆粉碎后埋入地下，改善土壤的透气性。二是要改善施肥方法。施用发酵腐熟的农家肥，要撒匀，深挖翻入土中，避免挖沟施肥过于集中根系。施肥后，覆土前要将肥料与土充分掺匀，以免肥料过分集中而可能根系。三是要加强土壤管理。要坚持每3年进行一次深耕，保持活土层通气性良好，防止根系变浅。尽量采取松土锄划，保持表土层疏松通气良好。特别是遇到持续大雨，雨后要及时排水通气。四是采取措施防治根腐病。改善根系生长土壤环境，提高土壤的通透性和活性，可以高效防治根腐病发生。同时采取措施杀灭根腐病菌，补充益生菌，以菌抑菌。通过补充益生菌可以形成益生菌环境，对多种土传病害的防治效果显著。及时防治地下害虫等对植株的危害。
是培养料水分过多。发生根腐病后，应立刻挖出烧掉。手接触根腐病菌时，必须消毒。