移苗床或营养钵毒土使用是在移苗入钵前，将毒土撒在移苗床或营养钵的表层。目前应用的营养土消毒的方法主要是毒土消毒法，播种床内在播种前撒一层毒土，然后进行播种，种子上而再撒一层毒土盖子，将种子夹在两层毒土之间，消毒效果显著。
一、用熏蒸药剂消毒
采用地面喷洒或打孔浇灌法，将药均匀喷洒到地面上，或注入育苗土内，用塑料薄膜覆盖。闷堆2-3天或更长时间后，揭去薄膜透气一周左右，再开始育苗。主要有：
1、福尔马林：每吨土用200-250克的原液，配成100倍液，结合翻土，将药液均匀混拌入土内，盖塑料薄膜密闭3-5天后，揭膜翻堆，药味散尽后播种。可灭除床土中的病原菌，防治辣椒、菜豆菌核病，黄瓜黑星病等。
2、溴甲烷：可防治黄瓜、番茄、茄子等的土壤线虫，也对猝倒病、根腐病、枯萎病等大多数茄子病害，以及蛴螬、蚂蚁、蝼蛄和大多数一年生和多年生杂草有效。用拱棚密封地面，每平方米畦面用80-100克，将药罐用钉子钉一个洞，放到塑膜下熏蒸24小时后，撤掉塑棚，散气2天，然后播种。
二、用常规农药消毒
采用混拌法，结合配制育苗土，将均匀混拌于育苗土中。
1、多菌灵：每平方米苗床用8-10无药剂，与4千克左右细土拌匀，1/3散于畦面，2/3盖籽，可防治番茄褐色根腐病，茄子褐纹病、赤星病、辣椒根腐病，冬瓜枯萎病等。
2、代森铵：用45%代森铵水剂20-300倍液，每平方米畦面浇灌2-4升。防治茄果灯苗期病害。五氯硝基苯：用70%五氯硝基苯与50%福美双或 65%代森锌可湿性粉剂等量混合，结合混拌育苗土，每平方米苗床用药8-10克，防治茄科立枯病，甘蓝灯黑腐病等。
3、甲基硫菌灵：用50%的可湿性粉剂1公斤与50千克干细土拌匀，防治根腐病等。
三、用药注意事项
1、根据防治对象选择农药：福尔马林可防治猝倒病和菌核病，代森铵能够防治立枯病，五氯硝基苯可防治猝倒病和立枯病，溴甲烷可防治多种苗期病虫害。
2、用药量与方法：用药量不足，不能达到对育苗土的目的；用药量过大，会对蔬菜种子及幼苗产生药害，并增加育苗成本。
3、均匀用药：农药与育苗土应分别充分搅拌均匀，避免不或发生药害。
育功土的干湿度要适宜：育苗土太干燥或太湿，效果均不好。适宜的土壤湿度为半干半湿，即抓起一把土，手握成团，落地即散，温度不足时，就先用喷雾器均匀喷水，湿度过大时，应事先摊开晾晒。
4、注意：注意人身，不要引起药手中毒；注意蔬菜，不要伤害蔬菜，特别是用熏蒸剂对土壤消毒时，消毒后一定要在土中的药气散尽或使残留浓度降低到浓度以下后，才可用于育苗。为加速散发，可将育苗土摊开或定期翻土。
(1)熏蒸消毒法把甲醛、垄鑫、线克与菌线克等有熏蒸作用的药剂，加入到
苗床土壤里，并在土壤表面用薄膜盖严，使气体在土壤中扩散进行杀菌、杀虫。
(2)药土消毒法配制营养土时，每立方米营养土加入70％甲基硫菌灵或50％多菌灵100克，或90％敌百虫20克，或金雷多米尔5～7克。
（3)太阳能消毒法播种前，把地翻平整好，用透明吸热薄膜覆盖好，晴天土壤温度可升至50℃～60℃，密闭15～20天，可杀死土壤中的多种病