一般说来，来自南方产区的种子，发芽较早，而来自北方产区的种子，发芽较迟；成熟较早的梅核型种子，发芽早，发芽率也高，而成熟较迟的大粒型品种，发芽迟，发芽率也低；大中粒型品种的种子，苗木长势较旺，而小粒型品种的种子，苗木长势较弱；来自大群体植株上的种子，苗木抗性较强，而来自只有少许植株的小群体内的种子，则较易感病，苗木长势也差。所以，用于培育砧木实生苗的种子，宜于大群体内，从具有大、中粒型种子的早熟卖生单株上采集；而培育大苗及速生丰产用材林的种子，则应通过试验确认了种源、品种以及交配组合后，才能确定；测定遗传力等则应通过单株采种(以自由接粉后代测定广义遗传力)和控制授粉后采种(测定狭义遗传力)等，并按一定的设计布置试验来完成。
由于树木的生长状态，对于种子的生活力具有直接影响，作为种子来源的采种母树，应当选择生长健壮的壮龄植株，也一定要待种子充分成熟后采收。种子成熟的标志是，外种皮转成黄色、橘黄色或其他特定颜色，外种皮表面出现白粉，并开始自然脱落。
用于育苗的银杏种子，必须有发育良好的种胚。由于银杏确实存在未经授粉受精也能形成种实的单亲结实现象，所以，一定要注意不用或少用无胚率高的品种植株上采收的种子，还要避免使用由近亲授粉结实的种子育苗。使用经异源花粉人工授粉的种子育苗，可以取得的效果。
为了种子的正常发育，采种树的结实量也要适当控制。从过度结实植株上采收的种子，空壳率高，胚的发育不良，也不适于用作种子。
为了降低育苗成本，同时苗木早期的生长，用于育苗的种子，种粒大小也要适当，一般以每千克500粒左右为适宜。种粒过大，播种时用种量大，会大幅度增加育苗成本。种粒太小，发芽期间种子可以供应给苗木的养分太少，也不利于苗木的早期生长。特别需要指出的是，自然条件下，银杏存在着严重的近亲交配现象。这是因为，银杏长期以来多数处于零星生长状态，再加上人们习惯于就近采种育苗，使银杏形成了不少接近于自交繁殖的近纯合小群体。小群体内的银杏是以兄妹交的形式为主进行繁殖的。从遗传学分析，这种近亲交配也能起淘汰不良基因的作用。但是直接采种育苗，使用近亲交配的种子，苗木抗性差，极易感病死亡而导致育苗的失败。1987年，我们用贵州省普安县的种子育苗，感病率高达80％以上，平均高生长锣有其他苗木的一半。而从经过人工授粉的种子育苗，不仅发病轻，生长也快。
如果在对雌树进行人工授粉前，能对雄株也作好选择，就有可能得到遗传品质更为优良的种子。前面已经讲到，银杏的种核类型，大体上可以分为五种，即长籽型，佛手型，马铃型，梅核型，圆籽型。长籽与圆籽，可以初步判断为纯合类型。其他三种则都是杂合型。充分利属具商不同基因型的雄株与雌株杂交，或者利用处于隔离状态不同种源间的授粉，都可以使后代得到明显的杂交优势。这不但有利于实生后代的生长，而且还可以由此培育出一系列新的优良品种来，
用于育苗的种子应当如何保存
刚采收的种子，大部分还赡于圆胚阶段，胚组织肉眼还很难辨认。采收后大约要经过15—30天，圆胚中的子叶部分 迅速伸长，并日益明显。从圆型胚，到形成于叶、胚根，这个阶段，是银杏种子的“生理成熟”阶段。Eames，A．J．(1955)报道过银杏存在种子脱落后再行受精的现象。但是，王伏雄(1983)认为，Eames的报告可能只是一种特殊情况，因为在北京进行的解剖学研究，确认银杏的受精作用教师在母树上进行的。我们1987年10月6日在杭州采收的一批种实，四天后解剖，60%的种子已见有胚。但是，采后立即浸水15天的，则只有46.7%的种子见到胚。同一批种子采收后，带外种皮贮藏，其发芽率则可以超过60%。这些现象说明，尽管银杏的受精作用是在母树上完成的，倡，受精卵的进一步发育，特别是原胚形成后的进一步生长，则既有在树上进行的，也有在采收后进行的。采收后，原胚的发育受阻，降低种子的发芽率；相反，如果采收后能创造促进原胚发育的条件（如保留外种皮，砂藏层积处理等），则可以增加种子的发芽率，如果Eames指的不是受精过程，而是指的进一步发育，就比较符合银杏胚的发育过程了。在三层种皮的保护下，银杏种子失水较慢，特别是在阴湿的山地森林中，即使裸露于土面，四个月后，种子仍能保持新鲜状态，胚组织不但不会死亡，还会得到充分发育。一旦温度适宜，即能正常发芽、扎根，并形成一株新的银杏苗。但是，常温条件下，了外种皮的银杏种子，也会逐步失水，导致胚乳硬变而丧失发芽力。一般干放的银杏种子，发芽力只能保持2—3个月，所以，银杏种子在处理洁净后，应当及时贮藏。
在一般情况下，银杏种子不宜采用带外种皮贮藏的办法保存。种子数量少，或有摊放条件，或贮藏时间短暂，也可以带外种皮存放。用这种办法保存种子的好处是，不会有老鼠等动物的危害，与此同时，胚组织既不会迅速萌发，又不致迅速失水而丧失发芽力，还能使大多数胚整齐出苗。但是，因为银杏的肉质夕附皮含水量高，容易腐烂，还具异臭，不仅有碍于健康，出水后也会使部分种胚造成损伤，甚至导致一部分胚死亡。所以，银杏种子需要较长时期存放时，一定要采用其他方式贮藏。
保存银杏种子的时间超过一个月，常用的方法是混砂贮藏，即进行砂藏层积处理。这样做，还可以加速种胚的发育，并大幅度提高种子的发芽率。据试验，经过砂藏的种子，发芽率可以提高15．0％左右；这是因为，银杏种胚的发育要在采收前后才逐步达到成熟。砂藏条件有利于银杏种胚的进一步发育。对于刚刚脱皮清洗出来的种子，适当摊晾3—5天，再用含水量低于5％的清砂，按1：1—2(种子1份，砂1—份)的比例，以5一10厘米为一层，先铺砂，再铺种子，层相问，再于面上盖10—15厘米砂。层积的总厚度不要70厘米。层积砂藏后3—5天，翻动一遍，再过7—10天再翻遍。使银杏种粒表面都附有砂粒，防止种壳表面滋生霉使种子丧失发芽率。
大量种子贮藏，层积时，中间应插竹篓或草把，以利通 由于银杏种子在外种皮后，还有骨质中种皮和膜质内种皮的双重保护，失水较慢，种子胚乳内一些成分又有杀菌能力，即使用干砂贮藏，一般也不会丧失发芽李力，所以，在种子和砂充分混和后，一般不必再经常翻动或喷水。
砂藏层积过程中当气温超过8度时，已经达到生理成熟的种子，湿度很大的情况下，极易感病死亡。所以，需要常年会占就能萌动，长出胚根。这样的种子，在深埋厌气且湿度很大的情况下，极易病死亡。所以，需要常年保存种子时，应当将种子混粗粒干砂后，封存在0—2℃的冰库内。据实验，保湿条件下混粗砂冷藏，至少可以使银杏种子的发芽力保持2年以上。
一、采种和选种。采种的母树要品质优良、结实多、树体健壮。在果实自然成熟脱落后，在地面上收集。将采集的果实堆沤2至3天，再浸于水中搓去外皮，晾干，进行冷藏或低温沙藏。选种要选大粒种子育苗，因为大粒种子含胚乳多，能充分满足幼苗初期生长的需要，尤其是在种子发芽后的50至60天内。
二、整地和催芽。选择地势平坦、背风向阳、灌溉方便的圃地，于秋季进行深翻，翌年春季3月上旬浅耕，每亩地施农家厩肥4000公斤至6000公斤，并进行土壤消毒处理。催芽时，将干藏的种子用40℃温水浸泡5至7天，两天换1次水，待种子吸水后，进行高温催芽。在苗辅上搭塑料棚，内搭分层架，每层架上铺上稻草帘或湿麻袋片，再铺上席子，将吸足水的种子均匀摊在席上，厚约5厘米，上面再盖上湿麻袋片。每天早晚揭开麻袋片，用湿水喷洒1次，棚内温度应控制在30℃至35℃，有2/3的种子裂嘴露白时即可播种。
三、播种和育苗。一般在早春点播，宽行40厘米、株距15厘米，播深3至4厘米，覆土厚3至4厘米；也可条播，条距25至30厘米，每隔10厘米播一粒种子，覆土后稍加镇压，用地膜覆盖。亩用种50公斤。
四、苗期管理。1、及时松土除草。银杏幼苗期遮荫面小，易生杂草，全年松土除草6次至8次。2、合理施肥。幼苗出土后，于5月中旬亩施尿素20公斤至30公斤，6月中旬亩施复合肥30公斤，8月上旬亩施磷酸二氢钾30公斤。追肥时应离开苗株5厘米至10厘米，以免苗木。3、适时浇水。在5月中旬前一般不宜浇水，汛期应注意排涝。4、防治地下虫害。幼苗期常遭地老虎、蛴螬等地下害虫危害。可用90%的敌百虫1000倍液拌毒饵诱杀。5、幼苗初期密度较大，第二年开始每年抽行或间株，按造林所需规格的不同，保留适宜的密度。
五、定植。一般在早春定植，官度依用途而定，雌雄株比25∶1，株行距2米×3米。3年至5年结果。用材林株行距3米×4米，叶用林株行距0.4米×1米。果材塑料用林可用实生苗定植，株行距3米×4米，高枝嫁接，随树冠扩大，保留每亩20株左右。银杏与农作物间种，每亩3至5株，行距40米，株距5米。
六、嫁接。一般在清明节前后进行嫁接。通过嫁接可改良品质、加速生长、提早结实、嫁接应选择品种优良的1年至2年生实生苗作砧木。剪取冠外中上部1年至3年生的粗壮果枝作接穗，每穗留2个饱满芽，穗下端削成2.5厘米至3厘米长的楔形，内薄外厚。砧桩10厘米至15厘米高，上端剪除，选一光滑面，用刀向下劈，深度同接穗削面，将接穗对准形成层向下插紧，抹上湿泥土，再用塑料薄膜包扎紧。嫁接可在苗圃进行，也可以定植后，高枝嫁接。