一般情况下，西瓜枯萎病防治主要采取实行轮作倒茬，选用抗病品种，辅之农药杀菌。近年应用较多的方法是瓠瓜与西瓜嫁接育苗，利用瓠瓜根部的抗病性达到防治该病的目的。采用这一新方法防病效果不错，可使瓜苗免遭病菌为害，但土壤60厘米以内的病原菌并未被杀死，加上技术难度大不易掌握，嫁接材料价格高，生产成本上升，多数瓜农难以接受。50％代森铵、23％铬氨铜、70％甲基硫菌灵等农药虽能杀死枯萎病菌，但会在西瓜内积累农药残留，危害食品。
为了探索防治西瓜枯萎病的理想方法，我们在千阳县南寨镇大寨村、千塬村试验6年，用“沼渣基肥+沼液浸种+沼液喷肥+沼液灌根”的新技术防治西瓜枯萎病，既控制了病害大面积发生，又逐步杀灭了土壤中的病原菌，而且获得了较高的产量，西瓜品质也有所提高。该法防病要点如下：
1．沼渣做基肥整地时，每亩施入沼渣2000～2500千克，或沼肥2500—3500千克。西瓜苗床基肥也可用沼肥代替普通农家肥。
2．沼液浸种将新鲜纯沼液用清水稀释20倍，搅动挥发掉硫化氢气体后，把晒干后的西瓜种子装袋浸人对好的沼液中，8小时后取出用清水快速洗净、晾干。可直接播种，也可用于苗床育西瓜苗。
3．沼液喷肥西瓜进入5叶期后，可开始用纯沼液进行叶面喷肥。首次用沼液要用清水稀释20倍，用喷雾器向叶背、瓜蔓、地表同时全面喷雾，每亩喷30千克。第二次稀释15倍，每亩喷50千克。第三次稀释5倍，每亩喷60千克。第四次不用稀释，直接用沼液喷雾，每亩喷60千克。
4．沼液灌根西瓜生长期间，如果田间有个别秧苗出现枯萎病症状，要及时用沼液灌根，每隔7天1次，直至病愈苗壮为止。
5．注意事项本方法旱地至少要连续使用7年，水田使用4年，才能根除西瓜地土壤中的枯萎病病原菌。土壤中的病原菌基数与对瓜苗的为害株数、为害程度随使用年限增长而逐年下降。在此期间西瓜可连年种植。
防治西瓜枯萎病的方法：推广抗病品种
在品种选择上，应以产量高、适应性强、抗病性好的品种为主，尤其要高抗枯萎病。我县近年来主要推广红双喜、抗裂京美等品种。
防治西瓜枯萎病的方法：种子消毒
用60%多菌灵盐酸盐超微粉加脂肪醇聚氧乙烯醚（平平加）渗透剂1000倍液浸种1～2小时，或用福尔马林150倍液浸种1.5小时，然后用清水冲净，再催芽播种。
防治西瓜枯萎病的方法：土壤消毒
用新土进行护根育苗，如用旧床土育苗要经过消毒，每平方米苗床用50%多菌灵8克；定植前要对栽培田进行土壤消毒，每亩用50%多菌灵3千克或辛拌磷2千克，混入细土后撒入定植穴内。
防治西瓜枯萎病的方法：加强管理
可在上年冬季土壤封冻前将地深翻1次，来年春季趁墒机械旋耕、耙耱保墒。推广测土配方施肥技术，以有机肥为主、化肥为辅，化肥施用要严格控制氮肥施用量，适当增施钾肥，底肥一般亩施腐熟有机肥4000～5000千克、尿素20千克、过磷酸钙80千克、硫酸钾50千克。追肥亩施尿素30千克。栽培方式上可推广双膜覆盖栽培、大中棚西瓜和温室栽培，以提前上市时间。
防治西瓜枯萎病的方法：药剂防治
发病初期用3.2%恶甲水剂500倍液灌根，或用瑞代合剂（1份瑞毒霉、2份代森锰锌拌匀）140倍液于傍晚喷雾，有预防和作用；用70%敌磺钠10克，加面粉20克，对水调成糊状涂抹病茎，可防止病茎开裂；也可每亩用饼肥100千克腐熟后穴施，既防病又增肥。
防治西瓜枯萎病的方法：推广嫁接育苗技术
千阳县从2006年开始推广西瓜嫁接育苗技术，嫁接面积逐年扩大，采用嫁接技术连续重茬种植3～5年不感染枯萎病，这也是目前防治枯萎病的有效措施。利用葫芦和南瓜砧木嫁接，砧木一般选择白籽南瓜和瓠瓜，嫁接采用插接和靠接。采用插接技术砧木要比西瓜早播7～8天，使砧木苗大于西瓜苗；采用靠接的，要求砧木和西瓜长势、高度基本一致，由于砧木根系发达、长得快，西瓜应比砧木早播7～8天，当西瓜苗展开片真叶、露出第二片真叶时为嫁接时期。