黄瓜菌核病产生后不要急着寻找农药防治，首先要分析其原因，其实黄瓜菌核病寄主范围广，除危害黄瓜外，还可危害番茄、甜（辣）椒、茄子、豌豆、马铃薯、胡萝卜、芹菜及多种十字花科蔬菜，主要发生在中管棚和连栋大棚保护地栽培的黄瓜上。
危害症状
黄瓜菌核病主要危害茎基部和果实，也能危害茎蔓和叶，在黄瓜苗期至成株期均可发生。茎染病，发病部位主要在茎基部和茎分杈处，发病初始产生水浸状斑，扩大后呈淡褐色，病茎软腐纵裂，病部以上茎蔓和叶凋萎枯死。湿度高时病部长出一层白色棉絮状菌丝体，受害后茎秆内髓部受破坏，发病末期腐烂而中空，剥开可见白色菌丝体和黑色菌核。菌核鼠粪状，呈圆形或不规则形，早期白色，以后外部变为黑色，内部白色。果实染病，发病初始在幼果脐部呈水浸状腐烂，果表长白色棉絮状菌丝并形成黑色粒状菌核。叶片染病，初呈水浸状斑，扩大后呈灰褐色近圆形大斑，边缘不明显，病部软腐，并产生白色棉絮状菌丝，发病严重时产生黑色鼠粪状菌核。
防治措施
一、种子处理
播种前在50℃温水中浸种10分钟，立即移入冷水中冷却，晾干后催芽播种，即可杀死混杂在种子中的菌核。
二、清理田园
及时打掉老叶和摘除留在果实上的残花，发现病株及时拔除或剪去病枝病果，带出棚外集中烧毁或深埋。收获后病残体，深翻土壤，防止菌核萌发出土。
三、茬口轮作
与水生蔬菜、禾本科及葱蒜类蔬菜隔年轮作。
四、加强管理
合理密植，控制中管棚和连栋大棚保护地栽培棚内温湿度，及时放风排湿，尤其要防止夜间棚内湿度迅速升高，这是防治本病的关键措施。注意合理控制浇水量和施肥量，浇水时间放在上午，并及时开棚，以降低棚内湿度。特别在春季寒流侵袭前，要及时加盖小拱棚塑料薄膜，并在棚室四周盖草帘，防止植株受冻。
五、苗床定期适时用药防治
秧苗移栽前一定要做到带药移栽，不移栽病、弱苗，从严控制秧苗带病移栽。
六、土壤消毒
每平方米用50％多菌灵粉剂8～10克，与干细土10～15公斤拌匀后撒施，消源。
七、化学防治
在发病初期开始喷药，每隔7～10天喷1次，连喷3～4次，重病田视病情发展，必要时应增加喷药次数。药剂可选用43％好力克悬浮剂 2000～3000倍液（每亩用药量40～50克）、50％速克灵可湿性粉剂1000倍液（每亩用药量100克）、50％扑海因可湿性粉剂1000倍液（每亩用药量100克）、50％多菌灵可湿性粉剂800倍液（每亩用药量125克）、70％甲基硫菌灵1000倍液（每亩用药量100克）等。
在近几年的黄瓜保护地栽培中，黄瓜菌核病的发生有日渐严重的趋势，特别是在秋冬茬的栽培中遇到连续阴天的情况下则发病更重。菌核病一定要利用保护地小气侯可调控的有利条件进行综合防治，利用茎干涂抹法菌核病有。
1.病源及危害症状
黄瓜菌核病病源属于核盘菌，子囊菌亚门真菌。菌核在干燥的条件下可以存活，4～11年，在水中1个月就会腐烂。
露地、保护地黄瓜均可发病，在保护地中发病重。从苗期到成株期均可感染此病，主要为害果实和茎蔓，果实感病多在残花部，茎蔓感病多在近地面的茎部或者主侧枝分枝处，感病部位先是呈现水浸状腐烂，并长出白色菌丝，后期菌丝纠结成黑色鼠粪状菌核。
2.传播途径和发病条件
一般菌核混在土中或附在种子上进行越冬或越夏，进入田间后遇到适宜的条件便可萌发出子囊盘并散发出子囊孢子，子囊孢子随气流传播，进行侵染。先侵染花部，带病的残花落到茎上引起茎部感染，感病部长出白色菌丝，后期大量纠结成菌核，菌核再萌发形成新的侵染源进行再侵染。
本菌对水分要求较高，相对湿度在85%以上，温度在15～20℃时有利于菌丝的萌发、生长、侵入及子囊盘的产生。因此高湿、低温或多雨的早春或晚秋有利于该病的发生与流行。在北方的2～4月份和10～11月份发病重。
3.防治方法
采用温湿度调控法来抑制该病的发生，再辅以药剂防治的综合防治法可以有效的控制病情的发生。
3.1农业防治 上茬作物收获后深翻或改土，要深翻至25厘米以上，将菌核深翻到土中来抑制其萌发，或者把表层25厘米的土层换成大田土；有条件的地方可以和水生作物轮作，或者在夏季灌水浸泡1个月，也可有效地降低土中的菌核基数。
3.2物理防治 播种前用10%的盐水漂种2～3次，淘汰出菌核；或采用紫外线棚膜，可抑制子囊盘和子囊孢子的产生；还可采用高畦覆地膜法来抑制子囊盘出土散放孢子，减小病源。
3.3生态防治 利用温湿度调控法来抑制菌核萌发，上午以闷棚升温为主，下午放风排湿，发病后可适当提高夜温来降低结露时间，早春日均温可控制在29℃或是31℃高温，相对湿度在65%以下可减少发病；防止灌水过量，土壤湿度大时可延长灌水间隔期。
3.4茎部涂抹防治 当菌核病感染茎部时可以用小刀将白色菌丝和腐烂组织刮掉，露出新组织，然后用多菌灵原药或扑海因原药直接涂抹上去，当天便可控制病情发展，第二天便可，只要病斑还未绕茎1周，用此法就可治好。菌核病感染茎部时在前期时不易发现，可以在叶部发病后，利用中午高温光线强时，到棚中观察一下，这时蒸腾作用，表现出萎蔫状的植株，便是感染了菌核病，其他的黄瓜根茎部病害如枯萎病、蔓枯病等都可以通过此法来早发现早。
3.5药剂防治 发病初期用10%速克灵烟剂或40%百菌清烟剂熏棚，每667平方米每次用药250克熏10个小时以上，第二天通风半小时后方可进棚；用5%的百菌清粉尘剂进行喷撒，每667平方米每次用1千克左右；用50%的农利灵可湿性粉剂1000倍液或60%防霉宝超微粉600倍液进行喷雾，每7～8天1次，连喷3～4次。