当前的生物肥料市场混乱，产品层出不穷，质量参差不齐，炒概念居多，的生物菌肥产品受到市场上廉价劣质产品的冲击，它们还没有占据生物肥料市场大份额、形成生物菌肥行业领军品牌，尚未菌肥时代。
菌肥行业存在以下几个问题：
首先，生物菌肥的使用效果不稳定，得不到大多数农民的认可。
生物肥料由于质量的参差不齐，农民发现使用与不使用对比效果不明显，甚者造成烧苗现象，给农民增加了成本，还没有解决作物障碍难题。对生物肥料生产企业而言，农民对菌肥的认识进入误区会增加今后宣传推广的难度。造成这种情况与农民使用方法、使用量及使用习惯有一定关系，但多数情况是生产企业对产品质量把关不严，将未完全腐熟发酵的生物菌肥投放市场。其实未腐熟发酵的生物肥料隐患非常大，特别是牲畜粪便中除了病原菌，还有重金属、激素及其他有机污染物。施入土壤，不但无用，还加重土壤污染。
其次，要做好宣传。当前生物菌肥的宣传大多数集中在抗重茬死棵，增产提质，抗逆防病方面。
重者虚张声势，提出代替化肥的错误理念。夸大菌肥的作用，说其能解决所有问题，如土壤酸化问题、化肥利用率低问题、重茬死棵问题、抗病增产问题、生理缺素问题、作物早衰减产问题、肥害药残问题等等，让经销商-零售商-农民都深入系统地了解生物菌肥的功效及特点，让农民真正体会到生物菌肥的优越性，生物肥料才能得到大面积使用。
，菌种单一，腐熟发酵工艺不达标。
菌肥的好坏主要是菌种的差异，同时腐熟发酵工艺是菌种繁殖发挥作用的前提。常规菌肥以营养好氧细菌为主，功能性的较少，局限于固氮、解磷、解钾等功效。另一个问题是引进单一菌种，多数不是原菌种一代，二代以上居多，杂菌较多。再有，原料腐熟发酵时间短，发酵不，严重影响菌种的生存，导致生物菌肥效果不佳。
以上是菌肥行业存在的3个问题，随着国家提出“化肥农药零增长”计划，生物菌肥行业必将迎来新的一轮高速发展，可以说现实已把生物菌肥产业推到了风口浪尖上。
菌种单一，资源少；基础研究薄弱；监督不严，登记证制度实施不严格；包装标识混乱，价格混乱。
一是产能过剩、同质化严重、研发能力弱。目前我国是全球的化肥生产国和消费国。2016年我国化肥产量达7004.92万吨，施用量只有约6034万吨，其中尿素产能利用率只有78％，磷肥产能利用率69％。产能过剩、行业集中度高、产品同质化严重、低价竞争是主要行业特点。由于低价竞争，导致企业利润低，投入研发不足，相对于国外，上市肥料企业市值低，6万亿元的农业总产值并没有诞生市值过千亿的农药肥料企业。
二是销售链条过长、成本高、赊销严重。传统的农资销售模式，为厂家、市／县级代理商、镇／村级经销商、农户流通模式，厂家通过掌控代理商、经销商就可以触及到终端农户。这样的模式加快了品牌的扩张和市场占有率，但由于链条太长和信息不对称，高价和低质化肥共存，提高了农户化肥使用成本和经营风险。再加上农业生产周期性带来的收益滞后性，农户对经销商、经销商对厂家都存在赊销现象，增加了整个产业的风险。
三是施肥不科学，浪费严重，环境面临威胁。据统计，中国的肥料复合化率水平不到40％，低于世界50％的平均水平，更远低于欧洲、美国等发达农业国家70％的平均水平，这有肥料生产技术的原因，也有肥料使用方法问题。较低的肥料利用率不仅造成我国肥料资源的浪费，增加农业生产成本，同时也对生态环境产生巨大的破坏。土壤板结、土壤盐渍化、有机质含量下降、病虫害多发、水质污染等都是肥料利用率低和过度施肥造成的后果。
四是种植大户和职业农民崛起，服务和规模不匹配。随着我国农村劳动力的减少和土地流转的加快，种植大户和职业农民渐渐成为农业生产的主体。单次购买农资量大、单次投入资金量大、施肥方法更加科学，传统的经销模式既不能提供大量化肥的物流解决方案，也不能帮助农户解决资金周转问题，传统的经销服务模式已与目前种植规模需求不匹配。