施用微肥时应根据土壤中微量元素状况，有针对性地进行合理施用。微量元素肥料（下称微肥）是指铁、锌、钼、锰、铜、硼等，它们在农作物生长发育和优质高产中起着十分重要的作用，但因不同的微肥与不同的作物之间存在着种种特殊关系，如果盲目施用，不仅达不到应有效果，而且往往适得其反，甚至造成作物伤害。为趋利避害，实现微肥的高效施用，施用时要做到“三制宜”、“两注意”。
因不同土壤肥力状况制宜。一般北方的石灰性土壤，铁、锌、锰、铜、硼的有效性低，易出现缺乏；而南方的酸性土壤中则钼的有效性偏低。
因不同作物的需要制宜。各种作物对不同的微量元素有不同的反应，敏感程度不同，需求量也不同。如玉米，施锌肥效果较好，油菜对硼敏感，禾本科作物对锰敏感，豆科作物对钼、硼敏感。因此，应针对不同作物对不同微量元素合理选择，恰当施用。
因不同土壤环境条件制宜。土壤微量元素供应不足，往往是由于土壤环境条件的影响。土壤的酸碱性是影响微量元素有效性的首要因素，其次是土壤质地、土壤水分、土壤氧化还原状况等因素影响。为有效地解决微量元素缺乏或不足的问题，在补充微量元素养分的同时，要注意为其创造良好的土壤环境条件，如酸性土壤，可以通过施用有机肥料或施用适量石灰等措施调节土壤酸碱性。
注意施用方法。大家知道：作物需要微量元素的数量很少，许多微量元素从缺乏到适量的浓度范围很窄。因此，施用微量元素肥料时，一方面要严格控制用量，防止浓度过大；另一方面施用时要注意重点部位，如茎、叶等，并均匀喷于叶片正反面，防止漏喷。此外，也可将微肥按其施用量均匀拌入有机肥料中作底肥施用，效果同样显而易见。
注意配合施用。实践证明：只有在满足了作物对大量元素（氮、磷、钾）等需求的前提下，施用微肥才能表现出明显的增产效果。因此，在施用微肥的同时，要配合施好氮、磷、钾等大量元素肥料，以有效地改善土壤环境条件，实现土壤供肥和作物需肥平衡，增加微量元素有效性，进而达到提高各种肥料综合利用率，实现作物优质高产的目的。
要严格控制微肥施用量
微肥用量过大对作物会产生毒害作用而且还可能污染环境和危害人、畜健康。因此要严格控制微肥用量力求施用均匀。一般微肥可与氮、磷、钾肥拌匀后施用避免局部浓度过高的危害。根外喷施微肥时浓度要适宜不可随意增加用量或提高浓度如确需要高浓度时以不超过规定浓度的20%为限。以免造成毒害作用。
要配合增施有机肥料
实践证明增施有机肥料能大大提高施用微肥的效果因为增施有机肥料既能增加土壤的有机酸使微量元素呈可利用状态同时又在微肥过量时能缓解微肥毒性。况且有机肥本身就含有数量较多、种类齐全的微量元素。在微肥缺乏地区尤要注意加大有机肥料的施用量。
要配合施用氮、磷、钾等大量元素
虽然微量元素和氮、磷、钾三要素都是同等重要和不可代替的营养元素但在农业生产中还是应首先满足作物对大量元素的需要只有在施足大量元素的基础上微量元素的效果才能充分发挥出来。如果忽视了大量元素肥料的施用一味依靠微肥发挥作用是不科学的。微肥必须在氮、磷、钾等大量元素满足的重要条件下才会表现出明显的促熟增产作用。如微量元素充足而大量元素保持常量则大量元素将成为促熟增产的限制因素。
要因作物和土壤制宜合理施用
首先各种作物对不同的微肥有不同的反应施用时要根据作物对微肥的敏感程度确定施用量。需硼较多的作物有大白菜、萝卜、向日葵、豆科作物、油菜、甘蓝和烟草等大多数谷类作物因对硼不敏感故需硼较少；需锰较多的作物有马铃薯、大豆、甘薯、洋葱、菠菜、莴苣等；需锌较多的有玉米、水稻、大豆、番茄、柑橘、桃等；需钼较多的是豆科作物和十字花科作物；缺铁则多发生在梨、桃等多年生果树上。其次由酸性火成岩发育而成的黄、红壤硼、锌、钼等微量元素较为缺乏在生产上应有针对性施用这些微肥。此外作物在合理轮作、增施有机肥料的条件下一般不易发生微量元素缺乏症因此施用微肥要有针对性亦应因地因作物制宜 对多年生植物（果树等）和多年连作的地块（保护地蔬菜等）要注意缺素的表现。在一地区某元素的丰缺要经分析和试验来确定只有针对性地施用所缺少微肥才能提高施用效果达到促熟、增产的目的。