防治金针菇基腐病害要及时，找好防治的农药制剂，从根本上来解决。
首先要了解发病特点： 病菌多生活在土壤中及有机物上，寄生性弱，以腐生生活为主，可通过空气进行传播进行初次侵染，在中温高湿或低温高湿的环境，尤其是在培养料表面长时间积水的条件下，病菌进行侵染，多从菌柄侵入，其病情蔓延速度较快。病原菌多次人工接种在平菇子实体上不发生侵染。该病在室内栽培中发生较多，发生于棉籽壳生料栽培的菇床上。
防治方法
（1）在配制培养料时，严格控制含水量，在子实体生长阶段，避免菇床上长时间积水。
（2）搞好菇房环境卫生，适时通风透气，控制空气相对湿度不超过95%。
（3）化学防治 发现有病菇，及时，后喷洒1：500倍的25%多菌灵或1：800倍的70%甲基硫菌灵，或1：500倍的65%代森锌。常用药剂 ：多菌灵、甲基硫菌灵、代森锌。