小麦全蚀病多由种子带菌或土壤带菌所致。小麦播种后，在11月病菌开始浸染小麦根部，提前进行预防和关注小麦全蚀病的动态，是非常重要的。
轮作倒茬经调查，不同的种植类型，小麦全蚀病的发生程序存在着较大的差异，连作麦田病害重，尤以小麦—玉米—小麦连作田重；因为玉米是小麦全蚀病病菌的寄主，为小麦全蚀病的传播起到了桥梁的作用。从国外资料看，通过轮作可控制小麦全蚀病的发生，特别是与非禾本科作物轮作可有效减轻或控制小麦全蚀病的发生，因为小麦全蚀病病菌不易在非禾本科作物上寄生。推荐轮作方案：小麦—山芋—油菜—花生—小麦；小麦—大豆—冬闲—棉花—小麦；小麦—芝麻—油菜—夏玉米—小麦。因全蚀病菌在土壤中的存活期超过1年，故轮作年限在1年以上才会有效。
化学防治
由于小麦全蚀病不是一次性发病，它受区域、气候、温度、地理环境、种植年限、小麦品种、所施肥料品种和数量等综合因素的影响，发病程度和范围较难预测。小麦全蚀净是从小麦内部进行调控，减少小麦全蚀病病菌侵入，可以有效地控制小麦全蚀病病菌的增殖，增强小麦抗性，提高小麦的免疫功能，有效防治小麦全蚀病的危害。拌种处理：通过拌种处理可以有效地杀灭种子表面和种子周围土壤中的病菌。用小麦全蚀净每瓶（100毫升）拌种15-20公斤，搅拌均匀后晾干即可播种。叶喷防治：对全蚀病高发区，在小麦拔节后要对小麦进行预防，在小麦抽穗后至灌浆期是小麦全蚀病发病时机，要特别注意预防和控制。在小麦拔节期、抽穗期和灌浆期，可以用小麦全蚀净喷洒小麦1-2次，喷洒浓度是每20-25克小麦全蚀净对水15公斤，在药液中加入渗透剂或少量洗衣粉，以增强渗透性和展着性。在小麦灌浆期间如果遇到温度超过33℃的高温天气时，就要在药液中加入100克食用醋。
种植管理
禁止从病区引种，防止病害蔓延
对怀疑带病种子用51—54℃温水浸种10分钟或用有效成分0.15托布津药液浸种10分钟。病区要严格控制种子外调，新的轻病区及时采取扑灭性措施，消灭发病中心，对地块实行三年以上的禁种。水旱轮作，病菌易失去生活力。粪肥必须高温发酵后施用。要多施基肥，发挥有机肥的防病作用。选用农艺性状好的耐病良种。
轮作倒茬
实行稻麦轮作或与棉花、烟草、蔬菜等经济作物轮作，也可改种大豆、油菜、马铃薯等，可明显降低发病
种植耐病品种
如烟农15号、济南13号、济宁3号等
增施腐熟有机肥
提倡施用酵素菌沤制的堆肥，采用配方施肥技术，增加土壤根际微一态拮抗作用
药剂防治
提倡用种子重量0.2%的2%立克秀拌种，防效90%左右。严重地块用3%苯醚甲环唑悬浮种衣剂（华丹）80毫升，兑水100-150ml，拌20-25斤麦种，晾干后即可播种也可贮藏再播种。小麦播种后20—30天，每6672使用15%三唑酮（粉锈宁）可湿性粉剂150—200g对水60L，顺垄喷洒，翌年返青期再喷一次，可有效控制全蚀病为害，并可兼治白粉病和锈病。在上麦全蚀病、根腐病、纹枯病、黑穗病与地下害虫混合发生的地区或田块，可选用40%甲基异柳磷乳油50ml或50%辛硫磷乳油100ml，加20%三唑酮（粉锈宁）乳油50ml后，对水2—3kg，拌麦种50kg，拌后堆闷2—3小时，然后中。可有效防治上述病害，兼治地下害虫。小麦白粉病、根腐病、地下害虫及田鼠混合发生的地区或田块，用75%的3911乳油150ml，加20%三唑酮（粉锈宁）乳油20ml，对水2—3kg，拌麦种50kg，可有效地防治根腐病、白粉病，兼治地下害虫。
提倡施用多得稀土纯营养剂，每6672用50g，对水20—30L于生长期或孕穗期开始喷洒，隔10—15天一次，连续喷2—3次。