新世纪初，棉花转基因抗虫育种在国内出现，胡德玉敏锐意识到这项技术的应用将会引起棉花育种方式大变革，她结合江汉平原棉花生产的实际，提出了用抗虫基因的DNA溶液导入技术进行抗虫棉选育。这项技术必须在低温条件下才能实现，胡德玉和课题组成员整整坚持了一个多月，导入幼铃4万多个。胡德玉说：“第二年检测终于发现四株抗虫单株，概率万分之一。”
胡德玉在这万分之一中成功进行配组、改良，筛选出抗虫性稳定的单株67份，填补了在抗虫杂交棉选育中缺乏本地优势抗虫亲本的空白。长江流域雨水多，棉花容易烂铃，胡德玉又把研究重点放在抗烂铃技术上。胡德玉说：“从美国引进种子资源，选育出鄂杂棉24号。”棉花是一种喜钾作物，而钾肥作为一种资源性肥料，价格昂贵，目前，胡德玉把目标盯在了耐低钾棉花品种的选育上。