大棚豆芽要巧栽培，无论是前期的培育还是后期的管理都要合理。
播种前先在整理好的畦面上铺一层3厘米厚的营养土，整平、耧细，切勿踏实，保持土壤的通透性和含氮量，土壤温度保持在50%左右。播种前用新高脂膜拌种（可与种衣剂混用），驱避地下病虫，隔离病毒感染，加强呼吸强度，提高种子发芽率。把处理好的种子均匀撒在畦面上，然后在种子上面盖一层2厘米厚的细沙，沙的温度与营养土温度相同，轻轻耧平后，再盖上塑料薄膜或编织袋即可。
待种子70%左右露白时，进行一次大剂量的洒水，每畦大约5～6桶，以后每天洒水一次，据天气情况使棚内温度保持在25～30℃。当种子胚轴伸长至1.5～2.0厘米，要及时去掉上面的沙，如果沙太散可轻微洒一点水，取沙工作完毕以后，再大剂量洒水一次，把余下的覆沙冲到畦里，使豆芽全部裸露出来，但不能使阳光照射豆瓣，必要时在棚内小畦上盖上有色膜或其他覆盖物。。并适时喷施壮茎灵使植物杆茎粗壮、植株茂盛。同时可提升抗灾害能力，减少农药化肥用量，降低残毒。