用农药制剂来浸种是小型西瓜为了防止病害发生所采用的方法，浸种除了用55至60摄氏度的温水浸种十分钟外，常用药剂浸种。药济浸种的方法较多，常用的有50%的福尔马林100倍溶液浸30分钟;50%的代森铵500倍溶液浸30至60分钟;50%的多菌灵500倍溶液浸60分钟，10%的401抗菌剂500倍溶液浸30分钟。还有用100至150倍硫酸盐链酶素水溶液浸5至15分钟，对预防炭疽病和立枯病有一定效果。用铜、锰、锌等微量元素每升500毫克溶液浸种12至24小时，能提高发芽率和产量。
西瓜种子的浸种消毒方法是用70℃的水盛在容器内，把种子放人水中充分搅拌，待水温降至30℃左右时，用清水漂洗，搓掉种皮上的黏液，再浸泡8小时。
这种消毒方法叫做温汤浸种，在生产上普遍应用。没有温度计时，可用两份开水和1份凉水混合，水温大体为70℃。