肥料施用不当，往往会适得其反，造成不必要的损失。一般常见的如下：
1、施肥浅或表施。肥料易挥发、流失或难以到达作物根部，不利于作物吸收，造成肥料利用率低。肥料应施于种子或植株侧下方16-26厘米的地方。
2、双氯肥。用氯化铵和氯化钾生产的复合肥称为双氯肥，含氯约30%，易烧苗，要及时浇水。盐碱地和对氯敏感的作物不能施用含氯肥料。对叶(茎)菜过多施用氯化钾等，不但造成蔬菜不鲜嫩、纤维多，而且使蔬菜味道变苦，口感差，效益低。尿基复合肥含氮高，缩二脲含氮也略高，易烧苗，要注意浇水和施肥深度。
3、施用化肥不当。由于施用方法不当，可能造成肥害，发生烧苗、植株萎蔫等现象。例如，一次性施用化肥过多或施肥后土壤水分不足，会造成土壤溶液浓度过高，作物根系吸水困难，导致植株萎蔫，甚至枯死。施氮肥过量，土壤中有大量的氨或铵离子，一方面氨挥发，遇空气中的雾滴形成碱性小水珠，灼伤作物，在叶片上产生焦枯斑点；另一方面，铵离子在旱土上易硝化，在亚硝化细菌作用下转化为亚硝铵，气化产生二氧化氮气体会毒害作物，在作物叶片上出现不规则水渍状斑块，叶脉间逐渐变白。
此外，土壤中铵态氮过多时，植物会吸收过多的氨，引起氨中毒。
4、过多地使用某种营养元素。这样，不仅会对作物产生毒害，还会妨碍作物对营养元素的吸收，引起缺素症。例如，施氮过量会引起缺钙；硝态氮过多会引起缺钼失绿；钾过多会降低钙、镁、硼的有效性；磷过多会降低钙、锌、硼的有效性。
5、鲜人粪尿不宜直接施用于蔬菜。新鲜的人粪尿中含有大量病菌、毒素和寄生虫卵，如果未经腐熟而直接施用，会污染蔬菜，易传染疾病，需经高温发酵或化处理后才能施用。未腐熟的畜禽粪便在腐烂过程中，会产生大量的硫化氢等有害气体，易使蔬菜种子缺氧窒息；并产生大量热量，易使蔬菜种子烧种或发生根腐病，不利于蔬菜种子萌芽生长。
为防止肥害的发生，生产上应注意合理施肥。一是增施有机肥，提高土壤缓冲能力；二是按规定施用化肥。根据土壤养分水平和作物对营养元素的需求情况，合理施肥，不要随意加大施肥量，施追肥掌握轻肥勤施的原则；三是全层施肥。同等数量的化肥，在局部施用时往往造成局部土壤溶液浓度急剧升高，伤害作物根系，改为全层施肥，让肥料均匀分布于整个耕层，能使作物避免伤害。