种植有机蔬菜需要施用大量的有机肥料，以逐渐培养土壤优良的物理、化学性状，从而有利于蔬菜根系的生长以及微生物的繁殖。种植有机蔬菜要求以有机肥为主，辅以生物肥料，并适当种植绿肥作物培肥土壤。
1.种植有机蔬菜土壤施肥量的确定
蔬菜施肥量的多少，取决于蔬菜要达到的目标产量所需要的养分量、土壤供肥能力、肥料利用率等因素，其中根据蔬菜经济产量确定有效的施肥量，是蔬菜营养平衡和持续稳产的关键。
蔬菜的营养来源于土壤矿化物的释放、上茬蔬菜有机质的分解和当茬蔬菜的肥料补充。通常，作物对氮素的利用率，水田平均为35%～60%、旱田为40%～75%，对磷的利用率为10%～25%，对钾的利用率为10%～25%。对有机肥中磷的利用率为20%～30%、钾的利用率为50%。
有机蔬菜种植基地，应根据蔬菜种类的目标产量及对肥料的利用率制定合理的配方施肥方案。
2.种植有机蔬菜允许使用的肥料种类
（1）农家肥：如堆肥、厩肥、禽粪、家畜粪尿、沼气肥、作物秸秆、泥肥、沤肥、饼肥、草木灰、人粪尿（要符合规定，不能过量施用）等。
（2）生物菌肥：如腐殖酸类肥料、酵素菌肥料、根瘤菌肥料、固氨菌肥料、磷细菌肥料、钾细菌肥料、复合微生物肥料等。
（3）绿肥作物：如草木樨、紫云英、田菁、柽麻、紫花苜蓿等。
（4）有机矿物质肥料：包括钾矿粉、矿质硫酸钾、磷矿粉、矿质钙镁磷肥、镁矿粉、硼酸岩、石灰、石膏、黏土（如珍珠岩、蛭石等）、氯化钙、动植物废弃物及残质、垃圾、工厂有机污泥、泥炭等。种植有机蔬菜只能使用有限的矿物质，如长期使用矿物肥料，必须考虑其重金属含量不能超过国家标准。
（5）商品有机肥或生物有机肥：对于外购的商品有机肥或生物有机肥，有机产品标准要求应是通过有机认证或经认证机构许可的。对于未经认证的商品有机肥或生物有机肥的使用，必须首先获得认证机构的认可。凡是N+P+K含量过高，一般情况下如果总量超过6%，特别是超过8%的，必须调查清楚其成分，尤其要了解是否是掺有化肥的有机肥。向邻近农民或养殖场购买非商品化有机肥（农家肥或堆肥），使用者也应详细了解并甄别这些肥料的成分和堆制过程是否符合有关标准的规定。
目前，通过了有机认证机构认证的有机专用肥和部分微生物肥料有：益利来活性（生物）有机肥、丰一牌有机复合肥、八达岭牌生物有机肥、绿太阳液肥，亿力、积一美生物有机肥，赛众28钾硅调理肥，那氏齐齐发植物诱导剂等。
（6）其他途径产生的废料：主要指不含合成添加剂的食品、纺织工业的有机副产品等，如骨粉、氨基酸残渣、家畜加工废料、糖厂废料、腐熟的蘑菇培养废料和蚯蚓培养基质等。
3.施用方法
（1）基肥：基肥主要包括家畜粪、家禽粪、绿肥、豆饼及工厂未经污染的有机废弃物，在蔬菜种植前施用，此时粗有机肥、细有机肥、土壤改良剂及有益微生物都应使用。粗有机肥，主要是由稻壳、稻草、花生壳、蔗渣、锯木屑、野草、树叶等混合少量禽畜粪、油粕类或动物性废弃物，并灌施一些有益微生物制作而成，混合材料的多寡常因人的习惯而有很大差异。土壤改良剂有三类：一是白云石粉、石灰石粉、消石灰、蛹壳粉、蛹壳灰等含钙镁类，二是稻壳炭、木炭、活性炭、泥炭、腐殖酸等含炭及腐殖酸类，三是海草精、鱼精、氨基酸、磷矿粉、海鸟磷肥、虾蟹壳粉等可提供特殊养分类。一般结合整地每亩施腐熟的厩肥或生物堆肥3000～5000公斤。有条件的可使用有机复合肥作种肥，方法是：在移栽或播种前，开沟条施或穴施在种子或幼苗下面，施肥深度以5～10厘米为宜，注意种子与肥料之间要隔层土。
（2）追肥：一般生长期短的蔬菜如小白菜、苋菜、菠菜等，多数只要施用基肥即可满足其整个生长期对养分的需要，不必施用追肥，但施用基肥时必须注意依照蔬菜种类的不同，一次施入足量的有机肥。一些生长期长的蔬菜，特别是整个生长期都需要肥料的蔬菜，如瓜类、西瓜、萝卜、牛蒡等，应经常施用追肥。追肥分土壤施肥和叶面施肥两种。土壤追肥主要是在蔬菜旺盛生长期结合浇水、培土等进行追施，主要施用人粪尿及生物肥等；叶面追肥可在苗期、生长旺盛期选取生物有机叶面肥喷施。追肥施用量必须视蔬菜种类和生长期的不同酌量调整，通常是将约为基肥施用量1/5的有机肥，条施或撒施在距离蔬菜根部约10厘米处。固态追肥选择雨后土壤湿润时施用或施后酌量浇水。
（3）翻压绿肥：绿肥一般在花期翻压，翻压深度10～20厘米，每亩翻压1000～1500公斤，要根据绿肥的分解速度，确定翻压时间。
4.注意事项
施肥应根据肥料特点、不同的土壤性质、不同的蔬菜种类及蔬菜的生长发育时期灵活搭配，科学施用，才能有效培肥土壤、提高作物产量和品质。人粪尿及厩肥要充分发酵腐熟，通过生物菌沤制，并且追肥后要浇清水冲洗。人粪尿含氮量高，在薯类、瓜类及甜菜等作物上不宜过多施用。秸秆类肥料在矿化过程中容易引起土壤缺氧，并产生植物毒素，要求在作物播种或移栽前及早翻压入土。
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在有机蔬菜生产中，允许使用的肥料种类有:按有机农业生产标准要求，经高温发酵化处理后的农家肥，如堆肥、厩肥、沼肥、作物秸秆、泥肥、饼肥等;生物菌肥，如腐殖酸类肥料、根瘤菌肥料、复合微生物肥料等;绿肥，如草木樨、紫云英、紫花苜蓿等;草木灰等;腐熟的蘑菇培养废料和蚯蚓培养基质;矿物质肥，包括钾矿粉、磷矿粉、氯化钙等物质。另外还包括通过了有机认证机构认证的有机专用肥和部分微生物肥料等。叶面施用的肥料有腐殖酸肥、微生物菌肥及其他生物叶面专用肥等。有机蔬菜生产中不允许使用化学合成的肥料;有机蔬菜种植应限制使用人粪尿。
（1）农家肥：如堆肥、厩肥、禽粪、家畜粪尿、沼气肥、作物秸秆、泥肥、沤肥、饼肥、草木灰、人粪尿（要符合规定，不能过量施用）等。
（2）生物菌肥：如腐殖酸类肥料、酵素菌肥料、根瘤菌肥料、固氨菌肥料、磷细菌肥料、钾细菌肥料、复合微生物肥料等。
（3）绿肥作物：如草木樨、紫云英、田菁、柽麻、紫花苜蓿等。
（4）有机矿物质肥料：包括钾矿粉、矿质硫酸钾、磷矿粉、矿质钙镁磷肥、镁矿粉、硼酸岩、石灰、石膏、黏土（如珍珠岩、蛭石等）、氯化钙、动植物废弃物及残质、垃圾、工厂有机污泥、泥炭等。种植有机蔬菜只能使用有限的矿物质，如长期使用矿物肥料，必须考虑其重金属含量不能超过国家标准。
（5）商品有机肥或生物有机肥：对于外购的商品有机肥或生物有机肥，有机产品标准要求应是通过有机认证或经认证机构许可的。对于未经认证的商品有机肥或生物有机肥的使用，必须首先获得认证机构的认可。凡是N+P+K含量过高，一般情况下如果总量超过6%，特别是超过8%的，必须调查清楚其成分，尤其要了解是否是掺有化肥的有机肥。向邻近农民或养殖场购买非商品化有机肥（农家肥或堆肥），使用者也应详细了解并甄别这些肥料的成分和堆制过程是否符合有关标准的规定。
目前，通过了有机认证机构认证的有机专用肥和部分微生物肥料有：益利来活性（生物）有机肥、丰一牌有机复合肥、八达岭牌生物有机肥、绿太阳液肥，亿力、积一美生物有机肥，赛众28钾硅调理肥，那氏齐齐发植物诱导剂等。
（6）其他途径产生的废料：主要指不含合成添加剂的食品、纺织工业的有机副产品等，如骨粉、氨基酸残渣、家畜加工废料、糖厂废料、腐熟的蘑菇培养废料和蚯蚓培养基质等。