慈姑在下面的留种选择上需要掌握以下几点要求：
一、选择具有本品种特征、匍匐茎短而密集、单株球茎数10-14个的优良植株为种株。
二、用于繁殖用的种球或种芽，要达到成熟、肥大、端正、具有本品种特性、顶芽粗短而弯曲。
三、种芽预留及保存，对选择好留种球茎进行切牙留“种”，切牙时一般从顶牙基部下茎节切开，使顶牙带1厘米左右厚的茎块。切下的种牙要用杀菌剂进行消毒处理。储存要采用真空包装后放在通风、不见光、温度低于15度以下的地方保存，或者用沙子堆埋，使种牙不见光，堆放环境温度不高于15度。
四、球茎留种一般可以预留在大田，冬季保持田间水位深度不低于10厘米。一般多采用整个球茎进行繁殖，这样既省种又省工，效果较好。