肥料的利用率又叫肥料的回收率，也就是在所施的肥料成分中，被作物吸收的占了多少，一般用百分数表示。比如说施用了30公斤氮素，被作物吸收了9公斤，则氮素的利用率为30％。
影响肥料利用率的因素很多，除气候因素外，为了提高化肥使用的效益，必须注意这些因素，调整和适应这些因素。这些因素中包括肥料种类、品种、分配和供应方法、施用技术、土壤环境、气候状况、田间管理及作物特性等。如肥料成分比例的搭配适当与否，施肥部位、施肥深度、施肥时期恰当与否，土壤不同养分的丰缺程度和施肥成分的协调与否，雨量多少和土壤水分的适应与否，都能影响肥料利用率的高低，特别是作物的不同种类和不同品种以及不同管理栽培技术，也能影响作物本身对肥料的吸收能力。
为了提高化肥使用的效益，考虑到不同化肥的性质，在施用时，应当分别对待。化肥有挥发性、不稳定。在土壤中移动性大小不同，有的是酸性肥料，有的是碱性肥料。如碳酸氢铵的化学性质不稳定，挥发性强，施用时应深施覆土，球肥深施、压粒深施，减少养分损失。硝酸态氮肥和尿素移动性强，土壤不能吸附，施用后不可大水漫灌。
而在土壤中移动性小的磷肥，应作为种肥和基肥施入，施用时应注意施到根系附近的深度，如作追肥则因移动性小，不易发挥作用。另外，要特别注重配施有机肥及氮、磷、钾肥的配合比例，这将非常有利于化肥利用率的提高。施用化肥时，必须依据当地的轮作施肥方式，不仅考虑当季作物的肥效，还要考虑肥料残效和不同茬口对养分利用的特点及作物的营养特性，以轮作周期为单元，用地和养地相结合，以取得提高肥料利用率、增产增收的综合效果。就作物品种的遗传特性而言，早熟品种的生育期短，一般繁茂性差。氮
肥的施用量可以偏高一些，也不会贪青。相反，晚熟品种的生育期长，磷、钾的施用量可以偏高一些，否则容易贪青晚熟，甚至发生倒伏。为了提高化肥的利用率，就要根据作物生育期的不同，产量水平的不同，需要养分的不同，确定合理的施肥量、施肥次数和施肥时期。
影响作物生育的各种土壤障碍因素，如强酸性土壤、强碱性土壤、漏水的砂土、不渗水的粘土等，对作物的生育都有不良影响，应据不同的土壤状况，采用适宜的肥料和施肥方法。如质地粘重的地块，地温常偏低，对幼苗的生长不利，应注意苗期施肥，并注意选用热性的有机肥，以利于分解。对沙性强的土壤，因保肥能力差，施肥量不宜过多，应分次施用，防肥。
土壤肥力状况也影响肥料的利用率。实践证明，肥力高的土壤，在很大程度上与施用有机肥的数量较多有关。施用有机肥较多的土壤磷也随之提高。因此，肥力高的土壤施用磷的效果就差一些。磷肥施在一般肥力水平的土壤上，增产潜力大，如果氮、磷配合则效果更好。