种植黄芩需要防治的病害有叶枯病和根腐病，具体防治方法如下：
1、黄芩叶枯病
①发病时期及症状。于高温多雨季节，容易发病，开始从叶尖或叶缘发生不规则的黑褐色病斑，逐渐向内延伸，使叶干枯，严重时扩散成片。
②防治方法。秋后清理田园，除净带病的枯枝落叶，消灭越冬菌源。发病初期喷洒1∶1∶120的波尔多液，或用50%多菌灵1000倍液喷雾防治，每隔7～10天喷药一次，连续喷洒2～3次。
2、黄芩根腐病
①发病时期及症状。栽植两年以上的容易发病，往往根部呈现黑褐色病斑以致腐烂，全株枯死。大多数发生在低洼、积水的地块。
②防治方法。雨季注意排水，及时除草中耕，加强苗间通风透光;实行轮作;发病初期用1%硫酸亚铁溶液在病穴浇灌消毒。
黄芩含黄萼苷，有一定的抗菌作用，在生育期很少发生病虫危害，一般不需专门防治。但在高温多雨情况下，极个别地块会发现有叶枯病、根腐病、菟丝子病的发生。