生物有机肥在施用上仍有下面这些问题发生，所以我们一定要及时的来进行改正。
产品质量需要提高 目前市场上的生物有机肥产品质量参差不齐，应用效果也不够稳定，一些产品的构成需要改进，存在较多质量问题。
研究力度急需加大 科研部门对微生物肥料的基础研究和应用研究明显落后于生产实际，许多阻碍应用效果提高的因子未能得到深入研究，多年来这种头重脚轻的生产应用格局和在科研方面长期投入极低的态势制约了应用发展。
认知程度需要矫正 在对微生物肥料的认识方面，近几年形成了较大误区，例如不能正确区分生物有机肥与无机肥。农民没有真正认识生物有机肥，也就不能合理利用生物有机肥，从而降低了微生物肥料的声誉。
一要足墒施用。无论采用哪种施肥方法，都要在墒情适宜的情况下施用，这样肥料才能迅速分解、扩散、渗透，被作物尽快吸收转化。
二要适时适温施用。应根据不同作物的特性、生育期长短确定施肥时间，比如绿叶类的蔬菜生育期短，一般宜作基肥施用；棉花生育期长，既可作基肥施用，又可在蕾期作当家肥施用；果树一般提倡在12月至翌年1月施用。气温低于5℃或高于35℃时一般不宜施用，以10℃-25℃时施用效果。
三要优化施用方法。生物有机肥要尽量提早施用，每亩的施用量不少于40公斤，与化肥配合施用效果更好。