辣椒在长期的生长发育过程中形成了不耐涝的生物学特点，单株需水量不多，适宜在干爽气候条件下生长。大果型辣椒对水分要求更为严格，被水淹数小时后植株就会出现凋萎而死亡的现象。辣椒在受涝的情况下会使植株沤根死苗、叶黄化脱落、落花落果，并引起病害。为了尽可能的防止并减少各种病害造成的损失，达到辣椒生产优质高产的目的，笔者根据多年的经验，特提出几点防治措施
1防治沤根辣椒死秧
原因：由于雨季雨水过多，土壤营养流失，土壤空气含量少，引起根呼吸恶化，加之久雨暴晴，根系吸收力弱，导致水分失调，是辣椒沤根死秧的主要原因。防治措施：清沟理墒，排水降渍。受淹菜地应尽快排除田间积水，腾空地面，减少淹渍时间，减轻受害程度。对受淹严重、根系已死亡的辣椒要及时清洁田园，整地重播或改种。雨后浇园。如果夏季辣椒发生涝害，应及时在雨后用井水降低土壤温度，缓解雨季病害，可起到相当大的作用。加强管理。一些虽受淹较重，但根系未死的辣椒，可适当通过剪除地上部分过密的枝叶，或用遮阳网短期适当遮阴，防止雨后突晴暴晒，减少蒸发，预防生理失调引起植株萎蔫。中耕培土。及时中耕培土，这样既有利于促进根系生长，又利于排水，防止倒伏。叶面施肥。若是辣椒在果期被水淹，应重施保果肥。进行叶面喷肥可用0.3%-0.5%尿素液或1%磷酸二氢钾液，每隔3-5天喷1次，连喷3次。为促进涝灾后辣椒快扎新根，也可采用根补施肥加喷叶面肥的方式补肥。喷洒药剂。适当喷洒爱多收6000倍液或植宝素7000倍液，以提高植株抗病力。可喷200ppm的农用链霉素防治。以上药剂每隔5-7天喷1次，连喷3次。
2易发病害的预防
病害辣椒发生涝渍后容易大面积发生辣椒病害，因此要做好易发病害的无公害预防与治理工作。
2.1主要病害的类型和症状
2.1.1炭疽病染病果实的主要表现是果面先出现湿润状，褐色水渍状圆形或不规则形的病斑，稍凹陷，直径约为1cm，斑面产生黑色或橙红色小粒点。病症导致果实干燥时干缩、破裂，像虎皮一样吊挂着，又称“虎皮病”。而潮湿时表面又常溢出红色粘稠物，病果易腐烂脱落，挂于果枝上。高温高湿条件更易发病，而且蔓延速度非常快。
2.1.2病毒病病毒病的病症为黄化、有花叶、坏死和畸形等四种症状。轻者出现花叶，严重时几种症状同时出现，导致落叶、落花、落果等严重后果，轻者减产20―30%，严重时损失50―60%。
2.1.3软腐病软腐病主要为害辣椒果实，尤其是青果，病果首先呈现水浸状暗绿色斑，后又变成褐色软腐，果肉内部腐烂，果实变白，整个果实失水后干缩，仅留下灰白色果皮挂在枝蔓上，具有恶臭味，稍遇外力即容易脱落。
2.1.4疫病辣椒疫病主要为害果实、叶片和茎，尤其是茎基部，而且疫病多从茎基部开始，严重时呈现黑色长形斑，病斑暗绿色，长3-5cm或更长，病健交界处明显，病斑略有凹陷或缢缩。叶尖或叶缘上产生近圆形似水浸过的大病斑，后整叶软腐，枯死，潮湿时可见稀疏灰白色的霉状物。
2.2病害的防治
选用抗病品种。抗病优种能有效的预防病害发生，也是防止辣椒死秧的重要手段；培育无病壮苗。无病壮苗能有效避免或推迟辣椒发病概率；控制病源菌。实行轮作换茬，减少土壤传病概率，对种子和育苗营养土进行严格消毒；科学有效管理，增强植株抗逆性。在翻地的过程中要深翻，施足基肥，不施没有腐熟的有机肥，追肥遵循少量多次原则，并且快灌快排。田间蓄水不能超过40分钟，否则容易造成涝灾；做好田间清洁，减少病害再次侵染。铲除田间和田埂的杂草，发现病株应及时拔除，并带出田外深埋，而且要在病株周围进行消毒；化学防治方法。炭疽病防治，播前用55度左右温水浸种30分钟或者使用50%多菌灵可湿性粉剂500倍液浸种。发现病株后可以选用80%的炭疽福美可湿性粉剂800倍液，或使用75%百菌清可湿性粉剂500-600倍液，也可选用70%代森锰锌可湿性粉剂400-500倍液喷雾，7-10天喷一次，连喷3次；软腐病的化学防治方法，在雨前雨后及时喷洒72%农用链霉素可湿性粉剂4000倍液、或77%可杀得可湿性粉剂500倍液，或50%琥珀酸铜可湿性粉剂500倍液等，一个星期喷一次，连续喷3-4次；病毒病化学防治方法，播前用10%的磷酸三钠浸种半小时后洗净催芽，以钝化病毒。或用病毒K或病毒A或病毒灵或病毒净400-500倍液于发病初期使用，或菌毒清200-300倍液喷洒，一个星期喷一次，连续喷3次左右。0.1%高锰酸钾、1%过磷酸钙溶液对花叶病毒也有一定的防治效果。对于病株用50%甲霜铜可湿性粉剂500-600倍液、60%DTM可湿性粉剂500倍液、75%百菌清可湿性粉剂800倍液等喷雾防治，7-10天喷一次，连续喷2-3次，严重时每隔5天喷一次，连喷3-4次。