洋葱软腐病可以参考以下三个方法进行防治：
一、前期防治
⑴种苗准备。苗圃选择抗病品种育苗，淘汰病弱苗，培育健苗壮苗。
⑵茬口选择。选择通风透光的地块，玉米、小麦等比较优良的前茬，忌选用重茬、胡萝卜茬，以及大蒜等百合科蔬菜茬口，尽量避开秋白菜、洋芋等容易造成土壤病害残留物的茬口。
⑶高垄种植。有条件的区域提倡实行垄作，洋葱定植于高畦上，可减少水淹、降低病原侵染的机会。
⑷加强田间管理。及时中耕、除草，提高地温，促进洋葱发育，有利于洋葱群体抵抗软腐病病菌的入侵感染。
二、生长期防治
⑴积极防虫。及时防除洋葱根蛆、蓟马等虫害，减少因虫食造成的伤口和软腐病感染的机会。
⑵合理浇水。避免大水漫灌、串灌，减少病原菌随水流在田间的扩散传播。
⑶化学防除。7月初经常到田间检查，发现中心病株及时进行局部灌苗式喷药，同时进行全田喷雾预防，可72%农用链霉素5000倍兽用青霉素30000倍、可杀得2000500～600倍液72%农用链霉素可溶性粉剂4000倍液喷药防除，每隔一周喷一次，连续喷3次。
三、后期防治将田间洋葱残留物集中焚烧。