百菌清、多菌灵都是杀菌剂的一种，那么百菌清为广谱保护性杀菌剂，化学性质稳定，无腐蚀作用，对人畜低毒，对鱼类毒性大，主要防治多种真菌性病害，但对土传腐霉属菌所引起的病害效果不好，对多菌灵产生抗药性的病害，改用百菌清防治能收到良好的效果。多菌灵为内吸性杀菌剂，对热稳定，对酸、碱不稳定，兼有保护和作用，内吸传导主要是向顶型，对人、畜、鱼、蜜蜂低毒，在土壤中易分解失效。所为内吸剂，就是该药剂能被作物吸收到体内而不失效，能对植物体内的病原菌发生作用，这种药剂也称化学剂，一般用于发病的植物，但大多数内吸剂也兼有触杀的作用。多菌灵就属此类。所为触杀剂，就是杀菌剂沉积在植物表面上与病原菌发生接触时杀灭或抑制病菌，这种药剂或者不能被植物吸收或者被植物吸收后立即分解失效，对植物体内的病菌不发生作用。百菌清就属此类。
百菌清和多菌灵都是广谱性杀菌剂，它们的区别在于，百菌清喷到植物体上之后，能在体表上有良好的黏着性，不易被雨水冲刷掉，而多菌灵则是为高效低毒内吸性杀菌剂，有内吸和保护作用，喷到植物体上之后，可以内吸到植物体内发挥药效。
简单的说，就是百菌清的强项是在植物表面杀菌，而多菌灵的强项是内吸到植物体内杀菌，当然现在有的厂商可以会改进产品，所以建议看一下后面的说明比较好。
对于使用上来说，两者都差不多，不过百菌清更适合灌根，多菌灵喷叶，附着力强，持久有效，对已发病叶片效果强于百菌清，内吸杀菌能力也强于百菌清。
杀菌剂多菌灵和百菌清都是低毒环保的杀菌剂，他们在杀菌效果上都非常的显着，不过他们的作用机理和作用对象是有所不同的。
百菌清为广谱保护性杀菌剂，化学性质稳定，无腐蚀作用，对人畜低毒，对鱼类毒性大，主要防治多种真菌性病害，但对土传腐霉属菌所引起的病害效果不好，对多菌灵产生抗药性的病害，改用百菌清防治能收到良好的效果。
多菌灵为内吸性杀菌剂，对热稳定，对酸、碱不稳定，兼有保护和作用，内吸传导主要是向顶型，对人、畜、鱼、蜜蜂低毒，在土壤中易分解失效。所为内吸剂，就是该药剂能被作物吸收到体内而不失效，能对植物体内的病原菌发生作用，这种药剂也称化学剂，一般用于发病的植物，但大多数内吸剂也兼有触杀的作用。多菌灵就属此类。所为触杀剂，就是杀菌剂沉积在植物表面上与病原菌发生接触时杀灭或抑制病菌，这种药剂或者不能被植物吸收或者被植物吸收后立即分解失效，对植物体内的病菌不发生作用。