甜菜成熟收获大致分为两种方式：机械挖掘和手工。各有利弊，这些都对收获后的二次种植有所影响，需要有着一定的了解来避免不必要的损失。
除少数有条件的国营农场采用机械挖掘外，一般都采用畜力收获或手工挖掘。即用畜力牵引的铲镗犁或翻地犁将甜菜垄行镗15～18厘米。为防止镗偏垄，可将铲镗犁的前轮卸下，安装两个运输轮，轮距等于垄宽。镗时两轮走在垄沟内，可犁平稳前进。
机械收获甜菜，主要采用拖拉机牵引摘掉犁壁的四铧犁或五铧犁进行挖掘。犁铲入土深度20～22厘米。中国农科院甜菜研究所设计制造的农甜1GZ-2型耕作机非常适合挖掘甜菜。该机用小四轮拖拉机牵引，每次挖松甜菜两垄，尾根被切断，块根原位松动，不失水，可防止甜菜块根受冻，满足随起、随集堆、随切削的作业要求；同时，可提前挖松，块根带土少，方便切削。该机作业效率为4亩/小时。
甜菜挖掘、捡拾和集堆应连续作业，以免块根长时间风吹日晒，失水萎蔫或受冻害，降低品质。甜菜集堆时，应先抖落块根上的泥土，根朝里、叶朝外，码成圆堆或长形堆，防止块根大量失水或受冻害。