重点选用氰烯菌酯、丙硫菌唑、戊唑醇及其复配制剂等药，尽量不用或少用抗药性水平高的多菌灵类药剂。
氰烯菌酯、戊唑醇是防治小麦赤霉病的高效药种，醚菌酯对小麦赤霉病有一定的防效。上述在小麦扬花穗率5%时每亩用25%氰烯菌酯150克、50%醚菌酯20克、430克/升戊唑醇20克；在小麦见花时每亩用戊唑醇纯药10克、氰烯菌酯纯药25克，对小麦赤霉病均有良好防效。在小麦抽穗扬花期没有阴雨天气和大雾天气的情况下，这样施药一次就能有效控制赤霉病发生，可以考虑不再用药防治。
氰烯菌酯是氰基丙烯酸酯类化合物，对禾谷镰刀菌具有强烈抗菌活性，具有保护和作用，已登记用于防治小麦赤霉病和水稻恶苗病。
丙硫菌唑是三唑硫酮类化合物，是一种脱甲基化抑制剂，与传统三唑类杀菌剂相比，丙硫菌唑活性更高，内吸传导作用更强，杀菌谱更广，具有极好的保护、和根除活性，对小麦赤霉病、白粉病、纹枯病、锈病等病害均具有很好的防效。
戊唑醇是高效广谱内吸性三唑类杀菌剂，具有保护、、铲除三大功能，杀菌谱广、持效期长，通过抑制真菌的麦角甾醇的生物合成而起作用。但要注意施药后短期内不能出现强降温天气，否则容易对小麦灌浆结实造成不良影响。
吡唑醚菌酯对小麦赤霉病有一定防效，但需要注意的是，该药会刺激赤霉病菌分泌DON毒素，使商品麦毒素含量超标，生产上不宜单用该药防治赤霉病，宜选用吡唑醚菌酯与氟环唑、戊唑醇等药的混配剂，但选用氰烯菌酯、丙硫菌唑、戊唑醇等高效药及其混配剂，并抓住适期足量施药，一般对赤霉病有较好防效，没必要加用吡唑醚菌酯，以免刺激赤霉病菌分泌DON毒素。
参考药剂用量：48%氰烯·戊唑醇悬浮剂40-60克/亩、40%丙硫菌唑·戊唑醇悬浮剂30-50毫升/亩、30%戊唑·多菌灵悬浮剂75-100毫升/亩、41%甲硫·戊唑醇悬浮剂50-75毫升/亩、45%戊唑·咪鲜胺水乳剂20-25克/亩、30%唑醚·戊唑醇悬浮剂40-50毫升/亩。
施药注意事项：施药后8小时内遇雨，应在晴天补防1次。注意用足水量，一般每亩用水量不少于40公斤。施药时均匀周到，在穗期要对准植株上部特别是穗部重点喷药。注意轮换使用不同作用机理的药，以延缓病菌抗药性产生，提高防控效果。