莲藕肥料的施用量是由土壤本身的肥瘦来决定的，通常情况下每亩藕田需要畜禽粪 肥或厩肥1500-2500公斤，如果施用绿肥则需 3000-3500公斤。施用厩肥能够有效地减少藕本身所附着的锈斑，提高莲藕的品质。另外，深水藕田很容易缺磷，因此除了上述的有机肥外，还要补充30-40公斤磷酸钙作为基肥。
根据莲藕的生长发育期，通常需要追肥2-3次：次在立叶开始出现时进行，中耕除草后，每亩施入畜禽粪肥750-1000公斤；第二次追肥在立叶已有5-6片时进行，每亩施入畜禽粪肥1000公斤左右；第三次追肥在终止叶出现时进行，这时结藕开始，称为追藕肥，每亩施畜禽粪肥1500公斤，饼肥30-50公斤即可。