生物菌肥在现在的耕种中起着越来越重要的地位了，那么要想提高生物菌肥的使用效果，一要了解生物菌肥的特点，适用作物用及施用技术；二要提倡“早、近、匀”的施用技术，即施用时间要“早”，一般作基肥、种肥与苗肥施用；施入地点离作物根系要 “近”；种子与苗肥要拌“匀”。不过，生物肥有一种施用方法一直没引起菜农重视，这种施用方法就是蘸根。据了解，用生物肥蘸根不仅有促进蔬菜根系生长的作用，而且对抑制蔬菜根部病害的发生也有显著的效果，比如茄子蘸根。
茄子根部病害一般易在茄子生长前期发生，因为此时茄子根系较弱，很容易被病原菌侵染。而茄子长成成株后，根系健壮庞大，抗病能力强，很少感病。因此，要避免茄子根部病害，就应在茄子苗期做好预防措施，而在定植前采用生物菌肥蘸根。
可在茄子定植前将生物菌肥混入土中加水制成泥浆，其配比为：1公斤菌肥＋3公斤土＋5公斤水，配好后，将其用木棍搅拌均匀。蘸根时，将茄子植株根部以下的根系全部插入泥浆内，轻轻地搅动两下，使泥浆充分附着在植株根系上，然后即可定植。
生物菌肥因其是生物活体肥料，其特殊的成分决定了它必须有特定的使用条件。土壤环境条件会影响菌肥使用效果，如温度、光照、土壤水分、酸碱度及使用方法等，所以在使用的时候就需要考虑到这些方面。
调控好地温 一般菌肥中的生物菌在土壤18-25℃时生命活动为活跃，15℃以下时生命活动开始降低，10℃以下时活动能力已很微弱，甚至处于休眠状态。因此，冬季大棚蔬菜施入菌肥后，调控好地温至关重要。而在冬季要想保持较高的地温，首先要控制好大棚内的气温，以气温促地温回升。一般棚内气温白天应保持在25-30℃为宜，夜间棚内温度低，为避免地温散失，维持地温恒定，除了采取地膜覆盖外，在操作行内覆盖作物秸秆也不失为一种好办法。
调控好土壤的湿度 土壤含水量不足不利于生物菌的生长繁殖，但土壤在浇水过大，透气性不良，含氧量较少的情况下也不利于生物菌的生存。因此，除调控好地温外，合理浇水也很重要。一般情况下，浇水应选在晴天上午进行，因这段时间内浇水有利于地温的恢复和棚内湿气的排除。浇水时要注意浇小水，切忌大水漫灌。若在蔬菜苗期覆盖地膜之前浇水，还应及时进行划锄，以增加土壤的透气性，促进生物菌的生命活动。
注意施足有机肥 而生物菌的功效是在土壤有机质丰富的前提下才能发挥出来的。如果土壤中的有机肥施用不足，生物菌就会因食物缺乏而使用效果不良。如果土壤中的有机质供应充足，生物菌肥中的益生菌就会大量的繁殖，从而增强对有害菌的抑制。因此，蔬菜定植前，一定要注意施足有机肥。
使用方法要得当 菌肥可作基肥，畦施、沟施或穴施；也可作追肥，进行冲施。生物菌肥穴施效果较好，生物菌可以迅速在蔬菜的根系周围形成强大的菌群，保护根系。如果土壤中病原菌积累较多，如种了十几年的老棚，建议采取先普施后穴施的方式以增加土壤中生物菌的数量，增强防病效果。
多种生物菌肥不宜同时使用 应用生物菌肥时只使用一种，不宜将含有不同有益菌的多种生物菌肥同时使用，更不应经常更换使用不同种类的生物菌，这是因为生物菌肥要发挥作用，需要有益微生物大量繁殖才能发挥作用。而微生物与微生物之间存在互生、共生（狭义的）和对抗三类关系，其中对抗关系又包括拮抗、寄生、竞争、捕食等多种类型。一般不同的菌肥产品所含的主要有益菌种不同。要注意不断补充新的菌肥，如基肥中用过后，可多次追同一种生物菌肥，以壮大菌群，提高防效。
需要特别注意的是，应用生物菌肥后通常不能再使用杀菌剂。因为生物菌中的有益菌能够被用到土壤中的杀菌剂杀灭，所以杀菌剂不能与生物菌同时使用。
有机肥：主要来源于植物和（或）动物，施于土壤以提供植物营养为其主要功能的含碳物料。经生物物质、动植物废弃物、植物残体加工而来，消除了其中的有毒有害物质，富含大量有益物质，包括：多种有机酸、肽类以及包括氮、磷、钾在内的丰富的营养元素。目前市场常见含量有机肥为（5-45）（10-45）（12-45）三种。
有机肥绿色，，肥效长，可增加和更新土壤有机质，促进微生物繁殖，改善土壤的理化性质和生物活性，提高化肥利用率达30-40%。是绿色食品生产的主要养分。
再说：无机肥
无机肥为矿质肥料，是指用化学合成方法生产的肥料，也叫化学肥料，简称化肥。无机肥包括氮、磷、钾、复合肥等。它具有成分单纯，含有效成分高，易溶于水，分解快，易被根系吸收等特点，故称“性肥料”。
1、生物菌肥适宜在15-35℃的气温中快速繁殖，特别实在干湿交替灌溉条件下，能很好地发挥生物菌的活性。
2、生物菌肥在旱地施用的含水量应在30%-60%之间，有益菌繁殖迅速。湿度低于30%施用时，必须进行浇水，只有生物菌肥有效活性，才能帮助农作物吸收土壤中的养分。同时，生物菌肥有一定的抗旱作用。
3、可在作物播种前期做基肥使用。生物菌肥中的有益菌能拮抗土壤中的病虫害，促进作物根系生长，增强作物免疫力，提高作物的抗病、抗逆能力，对作物苗期生长效果很好。
4、生物菌肥在阴凉适宜的天气情况下施用。如清晨9点以前或下午4点以后，或者阴天，因为强烈的阳光紫外线会影响菌肥的效果。
5、生物菌肥不能与杀菌剂直接混用。喷施杀菌剂要间隔5-7天再施用生物菌肥，以免杀菌剂营养生物菌肥的活性。
6、生物菌肥配合发酵好的农家肥和复合肥效果更好。生物菌肥施用后可减少复合肥施用量，但生物菌肥不能取代复合肥，还需适量补充复合肥。农家肥有机质丰富，腐熟好与菌肥一起施用，可促进有机质分解，促进作物更好的吸收全面的养分。
生物菌肥施入土壤中，有一个适应过程才能繁殖、生长活动，其显效期为7-10天后，就能逐渐均衡地给植物供养，发挥作用，功效期可长达6-8个月。