一般能够制成制剂的微生物菌，都会选用活性较高、存活时间较长的微生物菌种，只要现配现用基本上对微生物菌种不会造成较强的灭杀性。
并且制成制剂的微生物菌，必定添加了靶向助剂，用来引导指向靶标，只要靶向助剂不失效，微生物菌有繁殖代谢活性，那么效果就不会失效。
1、大多数微生物菌剂都可以与杀虫剂混合使用，如苏云金杆菌可以与绝大多数农药混合使用，但是不能与强酸强碱类的杀虫剂混用。
2、细菌性微生物菌剂与菌肥可以和真菌杀菌剂混用，但不能和细菌杀菌剂混用（已有农业工作着推广使用较长时间，事实已经证明。例如康普森公司翠白（哈茨木霉菌。枯草芽孢杆菌）和乙醚酚、嘧菌酯等杀菌剂复配，打白粉病效果表现更明显）。
3、特定的微生物菌剂与菌肥和杀菌剂组合，可以在不影响功能菌效果的前提下混合使用，可以起到效果互补的作用。即可调理土壤，又可以解决各种病害问题。
4、如果不确定微生物菌剂和菌肥中复合微生物菌是真菌还是细菌，尽量不要与化学杀菌剂混用。
5、土壤熏蒸与土壤处理后，再施用微生物菌剂和菌肥，是目前比较成熟运用的方法。
6、微生物肥料可以单独施用，也可以与其他肥料混合施用。但微生物肥料应避免与未腐熟的农家肥混用。与未腐熟的有机肥混用，会因高温杀死微生物，影响肥效。同时也要注意避免与过酸过碱的肥料混合使用。
7、微生物菌剂与菌肥应避免与能杀死该菌种的农药以及杀菌剂混用。
8、微生物菌进行喷雾时，由于使用量少，为减少浪费，务必采用二次稀释法配置。并且要在早上10点前或下午4点后施药，避免阳光直射，杀死芽孢。尤其是4点后用药，夜间潮湿的环境更有利于芽孢萌发。
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