南瓜不同病虫害要选择不同的农药来防治：
(1)霜霉病：苗期和成株期均可发病，主要为害叶片。叶片染病后叶缘或叶背面出现水渍状病斑，扩大后的病斑呈多角形，淡褐色或黄褐色，湿度大时长出灰黑色霉层，严重时整株叶片枯死。发病初期可用72％仙露可湿性粉剂800倍液或36％露克星悬浮剂600倍液等喷雾防治。
(2) 白粉病:病原为子囊菌亚门，瓜白粉菌和瓜单囊壳。6月上旬开始发生，该病以菌丝或分生孢子在寄主上越冬或越夏，成为翌年初侵染源。分生孢子借气流或雨水传播落在寄主叶片上，分生孢子先端产生芽管和吸器从叶片表皮侵入，菌丝体附着在叶表面，从萌发到侵入需24小时，5天后在侵染处形成白色菌丝丛状病斑，经7 天成熟形成分生孢子，进行再侵染。白粉病能否流行取决于湿度和寄主的长势，一般湿度大有利于其流行。
防治方法：发病初期，喷洒15%三唑酮可湿性粉剂1500倍液或多硫悬浮剂500-600倍液。技术要点：早预防、午前防、喷周到和大水量。保护地可采取烟雾法，硫磺粉熏烟或45%百菌清烟剂熏。
(3)病毒病：受害植株矮化，叶片呈黄绿镶嵌或变细为蕨叶，产量降低。目前尚无药剂，首先应选用种子，还要及时防治蚜虫，如5％高效大功臣可湿性粉剂1000～1500倍液、3％莫比朗乳油1000倍液等；发病后及时喷雾2％菌克毒克水剂200倍液或2％好普水剂500倍液或1．5％植病灵乳剂800倍液等加叶面肥(如云大120水剂等)，均有一定的防治效果。
(4)细菌性缘枯病。该病病原为边缘假单胞菌边缘假单胞致病型，除侵染南瓜外，还可侵染黄瓜。南瓜的叶、叶柄、茎、卷须和果实均可受害，初在水孔附近产生水浸状小斑点，后扩大为淡褐色不规则形斑，周围有晕圈。严重的产生大型水浸状病斑，由叶缘向叶中间扩展呈楔型，叶柄、茎等上病斑亦呈水浸状，褐色。果实染病先在果柄上形成水浸状病斑，后变褐色，果实黄化凋萎，脱水后成木乃伊状。湿度大时病部溢出菌脓。该病的发生主要受降雨引起的湿度变化及叶面结露影响。当湿度上升到70%以上或饱和达6-8小时即可发病，结露时间越长发病越重。
防治方法：用50℃温水浸种20分钟，捞出晾干后催芽播种，还可以用次氯酸钙300倍液浸种2小时或100万单位硫酸链霉素500倍液浸种2小时。冲洗干净后催芽播种。
（1）严格选择农药的品种，严格执行农药间隔期
我国目前农业生产上常用的农药单剂近百种，蔬菜生产常用的杀虫剂、杀菌剂、除草剂就达40多种。瓜类生产应有选择地使用高效、低毒、低残留的化学农药。
①杀虫剂：阿维菌素系列，包括除虫菊酯类、植物提取物类、昆虫激素类、少数有机磷农药（乐果、敌百虫、锌硫磷、乐其体、农地乐）以及其他的农药如杀虫双、吡虫啉等。
②杀菌剂：包括多菌灵、托布津、加瑞农、克露、大生、波尔多液、农用链霉素等。
③除草剂：氟乐果、乙草胺、都尔等。
在南瓜生产中，严格禁止使用甲胺磷、呋喃丹、杀虫啉、氧化乐果、三氯杀螨醇、甲基1605、除草脒等农药。
南瓜体内农药残留量与一次施药距采收时间的长短关系密切。间隔期短，则农药残留量多；反之则少。因此，生产者一定要严格掌握各种农药的间隔期。一般生物农药间隔期为3～5天，有机磷农药为7～10天，杀菌剂除百菌清、多菌灵要求14天以上外，其余均为7～10天。
（2）讲究防治策略，准确把握防治适期，对症下药
任何病虫害在田间发展都有一定的规律性，根据病虫的消长规律，讲究防治策略，准确把握防治适期，准确选用适宜的农药，有事半功倍的效果。如防治红蜘蛛，应掌握在点片发生阶段。夜蛾类害虫的防治应在傍晚时间，因为白天它们都躲在地下，施药对它们几乎没有效果。傍晚它们出来为害作物时施药，则防效显著。病毒病与苗期蚜虫有关，只要防治好苗期蚜虫，病毒病的发生率就能明显降低。同时，根据病虫在田间的发生情况，准确选择施药的方式也十分重要。如能局部处理的决不要普遍用药。
（3）适量、交替、科学用药
适量用药是科学用药的重要手段。在一些生产者中存在着某些用药误区，他们认为用药量越多，杀虫或治病效果越好。有些菜区个别农户杀虫素每亩用量达到100～150克，不但增加了成本，且防效不理想。因此，什么样的病虫害用什么药，用多少剂量，都应严格掌握。就像人生病，用什么药、什么剂量要严格掌握一样，否则不但治不好病，还会产生很大的副作用。
农药一定要交替使用，以增强药效，延缓害虫的抗药性产生。有些菜农在用药时喜欢一种农药反复使用，会使该病虫害逐步形成抗性，使化学防治效果日渐下降。克服和延缓产生抗药性的有效方法之一就是交替使用不同作用机理的两种以上的农药，而且要注意选择没有交互性抗性的药剂交替使用。如某种杀虫剂已产生抗药性，可以停止使用若干年，然后再启用。如需要混配农药的，应现配现用，在混用前需查“混用适否查对表”。如代森锌可与敌百虫、敌敌畏、乐果混用，但不可与波尔多液、石硫合剂、硫酸铜等混用。