微生物肥料可以概括为以下三大类：
一类是通过微生物的生命活动，增加职务营养元素的供应量，导致职务营养状况的改善。微生物肥料在土壤中和有害微生物相互拮抗，还能产生抗病、防病、乃至治虫的作用，用量多在每亩2公斤左右。这一类有代表性的产品有根瘤菌、固氮菌、解磷菌和硅酸盐菌（钾菌）。
另一类是微生物的代谢物质，如氨基酸、黄植酸等，将它和矿质微量元素加以配合，制成液态或固态的产品，达到刺激作物圣战和抗御病虫害的作用。每亩地用量100克左右。
再一类是借助微生物腐解有机质的功能，例如发酵或酵素菌，加速农家肥或秸秆的腐烂，达到增加土壤腐殖质的作用。这一类多加入等量的化学肥料，以作物对营养的需求。市场上叫多元有机肥。比如“em有益菌群。微生物肥料可用于拌种、浸种、蘸根、做底肥、追肥，沟施或穴施。但以拌种为简便经济、有效。其拌种方法是先将固体菌肥加清水调至糊状或液体菌剂加清水稀释，然后与中子充分搅拌，稍晾干后播种，并立即覆土。
1、微生物菌剂：是指目标微生物（有效菌）经过工业化生产扩繁后加工制成的活菌制剂，它具有直接或间接改良土壤、恢复地力，维持根际微生物区系平衡，降解有毒、有害物质等作用；应用于农业生产，通过其中所含微生物的生命活动，增加植物养分的供应量或促进植物生长、改善农产品品质及农业生态环境。微生物菌剂按内含的微生物种类或功能特性可分为根瘤菌菌剂、固氮菌菌剂、解磷类微生物菌剂、硅酸盐微生物菌剂、光合细菌菌剂、有机物料腐熟剂、促生菌剂、菌根菌剂、生物修复菌剂等。
2、复合微生物肥料：是指特定微生物与营养物质复合而成，能提供、保持或改善植物营养，提高农产品产量或改善农产品品质的活体微生物制品。
3、生物有机肥：是指特定功能微生物与主要以动植物残体（如畜禽粪便、农作物秸秆等）为来源并经化处理、腐熟的有机物料复合而成的一类兼具微生物肥料和有机肥效应的肥料。