超级稻肥料施用有下面几大原则：
秧田期施肥。秧田期施肥应以秧苗不披叶为基准，提高秧苗叶片的含氮量。应适当增加基肥用量。水稻4叶1心期开始分蘖，在2叶1心期施氮肥，确保4叶1心叶片含氮量达到4%左右。在移栽前4天，应施起身肥，促进新根发生，使拔秧时伤苗轻，栽后返青快。
本田期施肥。超级稻组合在本田期生长约120天，应该考虑植株在生育进程中对氮、磷、钾的需求动态。按目标产量每亩750公斤计算，每亩需吸收纯氮约 11公斤，五氧化二磷约3公斤，氧化钾约11.5公斤。水稻施肥应根据土壤供肥情况，补充水稻对肥料的需求。一般需施纯氮12—13公斤，氧化钾 12～14公斤，五氧化二磷5～6公斤。折合标准尿素26.1～28.3公斤、过磷酸钙41.6～50公斤、氯化钾20～23.3公斤。
一般说来，超级稻基肥亩施6.5公斤纯氮，占总氮肥量的50%。基肥施用量为50公斤饼肥或15～20担有机肥，加尿素10公斤、过磷酸钙30公斤、氯化钾10公斤。栽后5～6天，施分蘖肥。具体每亩施20公斤复合肥加3～4公斤尿素，每亩施氯化钾10公斤。穗肥可在倒2叶出生过程中施用，这次施肥应结合气候和水稻长相亩施10公斤左右复合肥。如水稻长相较健壮，叶片挺直，长短适宜，阳光充足，可适当多施。如水稻生长较旺，叶片过长，阴雨天气，可少施或不施。