针对枸杞黑果病要选择合适的农药来整治。一般枸杞黑果病危害枸杞的青果、花、蕾，也危害嫩枝和叶。枸杞自5月上旬的初果期至10月中旬的末果期，均可受到该病浸染。5~6月日平均气温在17℃以上，相对湿度60%左右，每旬有2~3天降雨，田间可发病。7~9月，日平均气温17.8℃~28.5℃，旬降雨在4天以上，连续两旬的平均湿度在80%以上，发病率会猛增。防治方法:在冬季清理枸杞园，把染病的果、叶、枝等烧毁;喷50%退菌特可湿性粉剂600倍液;喷等量式波尔多液100倍液。
1、收获后及时剪去病枝、病果，树上和地面上病残果，集中深埋或烧毁。到6月份次降雨前再次树体和地面上的病残果，减少初侵染源。
2、6月份次降雨前先喷一次药，开在药液中加入适量尿素，杀灭越冬病菌，增强树体抗病性。发病期及时防蚜、螨，防止害虫携带孢子传病和造成伤口。
3、发病后重点抓好降雨后的喷药，喷药时间应在雨后24小时内进行，以防传播后的分生孢子萌发和侵入。
3、发病期禁止大水漫灌，雨后排除杞园积水，浇水应在上午进行，以控制田间湿度，减少夜间果面结露。
4、预防：在病害常发期前，使用奥-力-克靓果安作为保护药剂，按300倍液进行喷施。重点防治月份：5、6、7、8月。喷药时，同时添加叶面肥沃丰素，增强树体抗病性，效果更佳。：使用奥力克靓果安50ml+大蒜油15ml+速净50ml，兑水30斤进行全株均匀喷雾，3-5天一次，连用2到3次。
5、喷洒75%百菌清可湿性粉剂600倍液或70%代森锰锌可湿性粉剂500倍液、25%炭特灵可湿性粉剂500倍液、64%杀毒矾可湿性粉剂500倍液、58%甲霜灵锰锌可湿性粉剂500倍液、75%百菌清可湿性粉剂1000倍液加70%代森锰锌可湿性粉剂1000倍液、50%苯菌灵可湿性粉剂1500倍液。隔10天左右1次，连续防治2-3次。