棉花苗期应巧施苗肥、促苗整齐。凡因出苗不齐补种、移栽棉田，幼苗生长不一致，易造成大苗欺小苗，难以均衡增产。定苗后对弱小苗可浇灌2%的尿素水，促使小苗赶大苗。对于三类棉田或底肥不足的棉田，一般亩施5公斤尿素，促苗升级。
棉花是需肥量比较大的作物之一，但苗、蕾期需肥只占全程需肥的20%~30%，大量需肥在开花至结铃盛期，因此，比较适用的施肥经验应该是：底肥足，苗肥速，蕾肥稳，花铃肥狠，普施桃肥。氮、磷、钾的施肥比例应为1∶0.3∶1。
今年由于气候原因，现阶段棉花普遍小于往年，就有农户想着进头水大量追施尿素，以迅速提苗。但在棉花整个生育期里，苗期需肥量只占全年总量的20%。我们建议棉花头水施肥根据棉花长势调整施肥量，长势好的棉花建议2-3公斤/亩的尿素，肥帝溉用量1-2公斤/亩；长势弱棉花可以适当提高尿素施用量建议3-5公斤/亩，肥帝溉用量2公斤/亩。
花苗期的需肥量只占其一生总量的5%左右，对于施足底肥的棉田一般可不考虑施用苗肥。而对于底肥数量木足或肥水较低的棉田，可考虑及早轻施提苗肥。苗期追肥，。一般以氮肥为主，数量不宜过多，每亩施标准氮素化肥5千克左右。也可将化肥与饼肥、粪干等有机肥混合深施，效果会更好。棉花苗期需水不多，为了防止地温降低，对播前造墒的棉田，一般不宜浇水。
对个别底墒很差的棉田，苗期又持续干旱时，应及时开短沟浇小水，并注意浇后及时中耕，被除板结。地膜覆盖棉田，在施足基肥，造好底墒的基础上，棉花苗期不进行追肥、浇水。对于麦套棉田，棉花苗期正是小麦灌浆成熟期，需肥量较大，而且耗水量也大，极易造成棉花缺水脱肥，因此在麦收前后要特别注意尽早施肥浇水。
为争取主动，一般提倡麦收前浇水，如麦前实在不能浇水）麦收后要尽早抢浇，并及早进行中耕灭茬和追施苗肥。苗肥量也不宜过多，一般每亩追施标准氮素化肥5千克左右。对于底肥不足的棉田，每亩同时追施腐熟的圈肥500千克，以利棉花苗壮稳长。肥力较好的棉田也可不追施苗肥。