对肥料配方影响较大的因素有下面几点：
1、作物的营养需求 科学配方要符合作物的营养需求曲线。由于不同作物品种有不同的营养曲线，所以要综合考虑作物种类、不同品种、不同生育期的需肥特征进行推荐施肥。
2、作物的营养吸收能力、特征与调节技术 不同的作物品种、不同的生物调节技术可以影响作物营养吸收能力。
3、土壤的养分含量 测土配方就是准确定量具体地块土壤基础养分含量，再结合当地各种实际影响因素确定合理有效的施肥比例、施肥量和施肥方法。
4、土壤的保肥、供肥特征 不同土壤对肥料的吸附和释放能力不同，科学配方要符合土壤的保肥、供肥特征。
5、肥料的养分含量、质量和性价比 科学配方要根据具体的肥料质量、养分含量和性价比来进行，目的是让农户降低成本和增产增收。
6、肥料的流失特征 科学配方要考虑肥料在环境、土壤的自然流失特征和不同肥料混合后的化学反应带来的流失。
7、肥料的释放、吸收特征 科学配方要考虑不同肥料在环境、土壤中的释放曲线和同一作物对不同肥料的吸收效率。
8、肥料产品的增效技术 科学配方要考虑肥料的不同生产技术和增效技术构成的肥料利用率。在测土配方施肥中应充分考虑肥料增效剂的功效，另外，有些产品技术有明显的提高肥料利用率的特点，如生物调节技术、肥料增效技术、整合技术、小分子（易吸收）生产技术。这些都可以提高肥料利用率，节约成本。
9、气候的影响因素 温度、雨量、光照等主要气候因素可影响作物对养分的吸收和肥料在土壤中的转化、流失。因此，科学配方要考虑环境气候条件的影响。
10、施肥方法和手段 科学配方要考虑当地的施肥方法和手段。相同的肥料，如果施肥方法、手段不同，肥料利用率也会不同。