种子质量问题和非种子质量问题我们一定要搞清楚。种子质量是指种子这种特殊商品满足人们使用种子所要求的特征特性的总和。狭义的种子质量指种子的自身品种品质和播种品质包括真实性、品种纯度（用种子风选仪进行纯度的选择）、净度、发芽力和生活力、千粒重（可能会使用到数粒仪或者电子自动数粒仪）、病虫感染率、水分百分率、种子活力等8个方面分别简称为“真、纯、净、饱、壮、健、干、强”；广义的种子质量包括物理质量、生理质量、遗传质量、病理质量和产品质量其中产品质量包括包装、标签、表识、外观等外延因素。
国家把关系国计民生、对人民群众生产生活有极大影响、栽培面积比较广的农作物确定为主要农作物《中华人民共和国种子法》规定水稻、小麦、棉花、玉米、大豆为主要农作物农业部将马铃薯和油菜也规定为主要农作物。对主要农作物种子国家制定了强制质量标准并规定必须印刷或制成印刷品固定在包装物表面。现行杂交水稻种子质量标准为 GB4404.1-1996其中2级种子质量标准为：水分≤13%净度≥98%发芽率≥80%纯度≥96%。一般来讲在以上4个方面均达到国家标准的杂交水稻种子视为合格种子。
综合《中华人民共和国种子法》及其配套法律法规中的有关规定种子质量问题包含的范围更为广泛它是指由于种子质量低于种用标准（主要农作物种子为国家强制标准）或者标签标注内容、含有国家规定检疫对象（即有害生物）和在不符合国家或地方规定的投放区域使用所造成的产量损失和质量影响。非种子质量问题是指除上述原因以外由气候、环境和人为等因素造成的产量损失和质量影响。
一、种子质量与非种子质量问题的区别
1、非种子质量问题多发生于极少数购种户，在该大包装袋甚至该批号种子中单独发生;而种子质量问题则会大量发生，每批号种子中种子质量没有明显的区别。
2、非种子质量问题可能包括该投诉农户的多个组合;而种子质量问题只会影响到有种子质量问题的组合。
3、非种子质量问题在田间往往成条状或者成块状分布;而种子质量问题在田间一定成均匀分布。
4、非种子质量问题在大面积中可能包括同一种栽培方式、或者同一类治虫防病措施、或者某个敏感阶段的同一生育进程的不同组合。而种子质量问题包括不同种栽培方式、或者不同治虫防病措施均受影响。
二、非种子质量问题的类型和表现
1、由栽培管理不当所造成的
(1)浸种、催芽、育秧方法不当，造成烂种、烂芽、烂苗。浸种时间过长缺氧;催芽过程中长期低温造成霉变或高温“烧包”。种子发芽播种后，成秧率不高，则是由于秧床质量不高(未腐熟的农家肥作秧田底肥、秧床不平积水等)、塌谷过深缺氧、气温过低烂芽烂苗等原因造成。
(2)施用氮肥太多或太迟造成贪青晚熟;施肥不匀，造成田间成块状分布生育进程不一致。
(3)水肥管理不当，造成禾苗僵苗不发、黑根烂根。
(4)施用劣质肥料，造成禾苗生长异常甚至死亡。
(5)采用不同栽培方法，可能造成生育进程不一致(用软盘育秧抛栽比传统水育移栽生育期推迟5-7天)。
(6)秧龄过长、栽培密度过大或异常气候等因素都可能引起水稻早穗。早穗由于秧田期积温太多引起(早熟品种秧龄超过正常20天，有可能引起早穗)，主要表现是主穗提前抽穗、黄熟，其它分蘖穗正常抽穗，早穗与种子纯度属不同性质的两个问题。
2、由气候因素所造成的(恶劣天气的影响)
(1)干旱：影响水稻产量和品质的主要环境因子，特别是影响了水稻播种、育秧和移栽的正常进行。孕穗期到齐穗期缺水受旱会导致绝收，齐穗到蜡熟期受旱会导致严重减产。当前，因干旱造成水稻欠收已经成为生产中的一个突出问题。
(2)高温：影响稻株自花授粉，造成高温逼熟，空秕率增加，千粒重降低;抽穗扬花期遇高温引起的结实率偏低，其特点是户与户之间结实率高低有明显差异，同一批次种子不同区域之间结实率有明显差异，这种高温导致的减产差异是很难预测的，不同品种的抗(耐)高温能力也是有差异的。
(3)低温：造成植株生育进程推迟，抽穗困难，出现卡颈现象，结实率降低;抽穗扬花期遇低温导致结实率偏低减产，一旦发生损失极大，有的田块甚至绝收。
(4)大雨：抽穗期遇大雨，造成大雨洗花，影响授粉，降低结实率。
(5)水淹：可能造成稻株腐烂，或者稻株生长异常。
(6)气候异常造成的多是大范围的灾害，还常引起病虫害的大量发生。
3、由病虫危害所造成的
(1)传统病害主要有恶苗病、稻瘟病、纹枯病、细菌性条斑病和白叶枯病等。如霜霉病发病后，病株比正常株略矮，抽穗后结实率低或不结实，严重田块成块状分布，发病中心病株不抽穗、病株矮缩甚至死亡。
(2)虫害主要有二化螟和稻飞虱为害，以及稻象甲、稻水象甲、纵卷叶螟等，因虫害较易区分，由虫害所产生的种子质量纠纷较少。
4、由药害引起的
(1)药害的典型特征是成块状或者成条状分布，与施药者的施药习惯和走向有密切关系;过量施用农药，叶面出现大量斑点，甚至造成叶片枯黄。
(2)除草剂危害，个别农户错将除草剂当农药使用，或者施用除草剂后的喷雾器未清洗干净而直接在稻田施药。前期造成禾苗矮缩、死亡，中、后期严重影响抽穗和结实。
(3)生育敏感期的其他药害，特别是抽穗扬花期治虫防病施药，有可能造成严重药害，所以，应避开扬花时段;也不能上午施药，宜选择在下午四时以后施药，否则，易造成大幅空秕。
5、由人为因素所造成的
(1)人为种子混杂。田间表现为典型的两个或两个以上不同熟期或者不同株叶形态的品种;种子混杂可能有三个方面的原因，生产企业混杂，零售商售种时拿错种子和用种户自己混杂。生产企业混杂是大面积的，由零售商或者农户自己的混杂造成的一般是个别田块;用F2代作大田用种时，田间出现分离现象，而且各种杂株类型的比例都很高。
(2)如果将晚稻种子用作早稻栽培，表现为生育期延长;早稻种子用作晚稻栽培，表现为植株矮小、早穗分蘖率低、稻穗短小、产量低。
(3)浸种时混杂其它品种引起的田间种植纯度问题，原因可能是农户浸种时容器中有其它种子未清理干净，或是浸种时无意中把两个品种混在一起，或是前茬落粒等。这种情况只有个别农户反映种子纯度问题，同批次种子的其它用户无反映。
6、由其他因素引起的
遇工厂排放的有毒化学烟雾或废弃有毒化学液体等，都有可能造成减产减收或绝收。