水稻稻曲病一旦发生就要及时选择农药进行防治。稻曲病是由真菌中的担子菌亚门类绿核菌侵染后而导致发病。稻曲病主要以菌核在土壤中越冬其次也可借厚垣孢子在被害谷粒内或健谷颖壳上越冬。翌年7～8月当菌核和厚垣孢子遇到适宜条件时即可萌发产生子囊孢子和分生孢子在水稻的孕穗期(主要在破口期前6～10d)借气流、雨、露传播侵入剑叶叶鞘内侵染花器及幼颖引起谷粒发病。
30%苯甲丙环唑15-20毫升/亩，43%戊唑醇（好力克）9-12克/亩，15%井冈丙环唑60-80克/亩，11%井冈己唑醇60- 80克/亩。这几种药剂从近几年的防治效果看，都比较落后，可以轮换使用。孕穗期（破口前5-10天）在稻曲病重病区，一定要防治一次。前面忽视掉或天气原因没法治的，齐穗期一定要补治一次。
选用抗病品种，如南方稻区的广二104，选271，汕优36，扬稻3号，滇粳40号等。北方稻区有京稻选1号，沈农514，丰锦，辽粳10号等发病轻。
防治水稻稻曲病关键时期应该在水道孕穗后期(破口期3—5天)，防治药剂可选用“爱苗”(苯甲.丙环唑)，或者井冈，烯唑醇等喷雾，能有效防治稻曲病的发生。