化肥中的有害物质分析如下：
不少种大棚菜的农民反映，一些瓜菜苗出现死苗现象。经观察并非病菌危害，而是属于典型的氨气毒害。
游离酸的危害
生产上使用的过磷酸钙以及复混肥中使用的过磷酸钙，一般是由矿石生产的，生产过程中需要使用硫酸，不少产品质量不稳定。特别是有些生产企业使用的是质量差的硫酸，很容易造成产品中硫酸等酸类物质含量过高。这些有害的酸类物质会污染土壤，使作物生长紊乱。如果用这种过磷酸钙拌蔬菜种子和小麦，极容易灼伤幼苗，严重时造成烂种死苗。
缩二脲的危害
尿素在造粒过程中温度过高，会进行缩合反应，生成具有渗透性的物质缩二脲，能引起种子的细胞脱水，抑制种子发芽。瓜、菜苗期用尿素，尤其要注意缩二脲的危害；在干旱施用时如果缩二脲的浓度超过15毫克/升时，作物就会枯死。
因此，要注意早施底肥，必须施后2周后才可播种。如要抢农时，则必须在播种沟内施用尿素后，再在上面盖层薄土，于薄土上播种。待种子萌发后幼根逐渐伸于下层时，尿素及缩二脲均已转化为铵态。移栽幼苗则必须待分解后才能移栽。
氨气中毒
用碳铵、尿素作原料生产的复混肥易产生氨气，特别是用碳铵生产的复混肥产品，含水量超标或气温较高时，碳铵会自行分解为氨、二氧化碳和水。氨气有严重的腐蚀性，会灼伤种子、幼苗和根系。