水分对发芽十分重要，玉米种子吸收水分达到自身质量的45%~50%时才能发芽。土壤过干，种子吸水不足，土壤湿度过大，氧气不足，均影响种子发芽出苗。土壤适宜含水量应占田间持水量的65%~70%。
玉米
近几年推广的玉米种子分为硬粒、粉质、甜质等类型。硬粒型种子，按照规程规定使用砂床，加水量为其饱和含水量的60%，温度20～30℃，5～6天就能达到发芽率计数标准；而对于粉质型、甜质型的有些品种，如沈单7号、丹2100、超甜2000，由于它们的芽势弱，发芽缓慢，末次芽率计数需要9～10天。这类种子对水分要求比较严格，若中后期水分稍高，病菌和霉菌容易发生。
因此，对这类种子发芽采取砂床，种子摆放时保持一定距离，前2天内砂床的含水量应控制在60%～65%，让种子吸足水分后，3～5天内砂床的含水量应控制在55%左右，后期则应控制在45%～50%之间。如果发现有腐烂和发霉的种子，要及时剔除，并注意通风、透气。对于我国北方地区晚熟的玉米、高粱品种，由于收获时种子内部水分相对较大，当时的气温低，采用自然晾干困难，普遍采用烘干的方法，这类品种采用此种方法也很好。
水稻
水稻因外面有一层附属物阻碍水分进入，吸水过程较长。如果温度保持在28℃浸种的条件下，种子吸足水分需要24～28小时。如果不浸种，采用砂床或纸床使种子吸足水分，有两个弊端；一是持续时间较长，发芽时间达到14天甚至更长，在高温、高湿的情况下容易受真菌和霉菌的感染而降低发芽率。二是造成吸水不均、不充分也会影响发芽率。
大豆
大豆的种皮较薄，种胚较大，吸湿性强，从而导致种子发芽时对水分的要求较高。温度和湿度稍高，就会使大豆发霉变质。因此对于含水量较高的大豆品种，特别要注意对水分的控制。置床时，发芽床始终要保持湿润状态。同时，水分不能过多，芽床的含水量较正常发芽要求低5%~8%。
种子要均匀分布在发芽床上，种子之间的间距要留有相当于种子本身的4~5倍，以防发霉种子相互感染。如发现有霉菌滋生，要及时取出洗净。有些大豆种子种皮非常薄，种子吸足水分以后，2片子叶容易脱离种皮而分瓣，在给此类品种发芽时，尽量少移动，如需移动，要轻拿轻放，不要用力过大。