有机菌肥的正确用途有下面几点：
有机菌肥料是目前国内普遍使用的高效生物有机肥料。本项专利制造的生物有机肥具有杀虫、抑菌的功能，不仅可用作基肥，还可用作追肥和种肥。经水浸泡后，取上面澄清液可用作叶面喷施，具有防治红蜘蛛、白粉虱、斑潜蝇的功效。
由于目前农业上大量施用化学合成肥料，破坏土壤结构，造成土壤板结及环境污染，这与未来的农业发展趋势——生态农业和农业的可持续发展相违背。而有机营养肥料都不会破坏土壤，也不会造成环境污染。
本生物有机肥料采用含有机质、甲壳素、放线菌、光合菌、乳酸菌、枯草杆菌等有益微生物制成。施入土壤后，对土壤中存在的有害真菌（如：镰刀菌）、致病菌起到拮抗作用，可有效预防因重茬引起的土传病害的发生，降解土壤中化学农药的残留，保持农田生态环境。同时改善土壤的理化结构，恢复作物根际有益微生物的自然平衡。用其浸种和拌种可提高种子的发芽率和作物苗芽的萌动力，增加土壤微生物的活动，加速根部生长。用其在移栽时醮根可以减少植物根部的生物学损伤，有助于营养的充分吸收。
在芽期和苗期使用可刺激幼苗和芽的发育，增强植物抗恶劣环境能力。在作物生长期应用可保障作物健康地生长，可以抵抗和减少病虫害，增强抗干旱、霜冻和涝灾等自然灾害的能力，增强作物着花和结果能力，达到保质增产。突出作用效果表现在加强根部对营养和水分的吸收和利用；明显改善发芽状况；促进根及根蒂的早期生长；保持优良的花和果实成长；增强作物抗病虫害的能力；提高和改善谷物类作物灌浆、分蘖能力和块茎作物块茎膨大能力；保持和提高作物品质；增加作物产量；经常使用可以改善根部健康状况，还可以提高生长活力。
本生物有机肥料经活菌发酵产生几丁质分解酶，可促使线虫卵囊及幼虫体壁几丁质层失去保护而水解，结合阿维菌素的触杀能力有效杀死线虫减少植物根瘤线虫病害发生，提高作物的产量。此外，甲壳素、有机质还可以促进放线菌繁殖，间接使造成土传病害的有害菌（线虫、镰刀菌、假单胞菌）减少，并使植物体内的几丁质分解酶及抗毒素活性提高，增加植物的免疫抗病功能，可有效减少农药的使用量，达到抑制线虫、青枯病、枯萎病等效果，起到及缓效的功用。
此外，本生物有机肥含有丰富的有机质、微量元素和腐殖酸等养分，它不仅可以为植物提供直接养分，而且可以活化土壤中潜在养分，增强微生物活性，促进营养物质转化。丰富的有机质能改善土壤物理性状，增加土壤团粒结构，增强土壤保肥及供肥能力，提高化肥利用率，间接为作物提供养分。含有大量有益微生物，促进土壤中养分的转化，提高土壤养分的有效性，有机肥经腐熟，不会造成作物烧根烧苗，能改善土壤理化性状，抑制有害微生物的生长，促进作物生长。