作物连作的坏处有下面几点：
一、作物自毒作用 某些作物可通过地上部分淋溶、根系分泌和作物残茬腐解等途径释放一些物质，对同茬或下茬或同科作物生长发育产生抑制作用，这种现象叫自毒作用。
二、土壤有益微生物减少、有害微生物增加 由于连作，形成了特殊的土壤环境，使固氮菌、根瘤菌、光合菌、放线菌、硝化菌、氨化细菌、菌根真菌等有益微生物的生长繁殖受到抑制，而有害微生物大量滋生，土壤就会发生变化。
三、土壤性质变坏，次生盐渍化及土壤酸化严重 为了片面的追求高产，大量施入高含量的化学肥料和未经腐熟的动物粪便、人尿粪等，导致土壤中盐分过量。
四、线虫危害
线虫是作物寄生虫，主要破坏作物的根系，影响其正常生长，而且防治难度大。
农作物连作危害的防治
一、施肥 测土配方，平衡施肥，调节营养，以有机肥为主，有机肥和无机肥相结合。
二、管理 轮作间作，优种嫁接。
三、栽培 土壤消毒，药治菌补。
1.连作危害原因：连作导致某些土壤感染的病虫害严重发生；伴生性和寄生性杂草滋生；土壤理化性质恶化，施肥效果降低；片面消耗土壤里某些易缺营养元素，限制产量提高；使土壤内累积因连作而产生的有毒物质等。
2.不同作用对连作的不同反应：不同作物、不同品种；甚至同一作物同一品种，在不同的气候、土壤及栽培条件下，对连作的反应不同。具体反应为较耐连作、耐短期连作、不耐连作。
较耐连作的作物有水稻、小麦、大麦、玉米、甘蔗等；耐短期连作的作物有甘薯、油菜、芝麻、花生等；不耐连作的作物有烟草、马铃薯、蚕豆、豌豆、番茄、西瓜、甜菜等。栽培上可在较耐连作和耐短期连作作物的种植中轮流短期间隔种植不耐连作的作物。